El virus del mosaico necrótico del trébol rojo (RCNMV) contiene varios elementos estructurales presentes en las regiones no traducidas (UTR) 3' y 5' del genoma que mejoran la traducción . En los eucariotas la transcripción es un requisito previo para la traducción . Durante la transcripción, la transcripción del pre-ARNm es un proceso en el que se une una tapa 5' al ARNm y esta tapa 5' permite el ensamblaje de ribosomas en el ARNm, ya que actúa como un sitio de unión para el factor de iniciación eucariota eIF4F. Una vez que eIF4F se une al ARNm, este complejo proteico interactúa con la proteína de unión poli(A) que está presente en la UTR 3' y da como resultado la circularización del ARNm. Este complejo multiproteína-ARNm recluta las subunidades del ribosoma y escanea el ARNm hasta que alcanza el codón de inicio. La transcripción de genomas virales difiere de la de los eucariotas en que los genomas virales producen transcripciones de ARNm que carecen de un sitio de tapa 5'. A pesar de carecer de un sitio de tapa, los genes virales contienen un elemento estructural dentro de la UTR 5' conocido como sitio de entrada al ribosoma interno (IRES). IRES es un elemento estructural que recluta la subunidad del ribosoma 40 al ARNm muy cerca del codón de inicio. [1] [2] [3]
RCNMV contiene un genoma que codifica dos cadenas de ARN de sentido positivo conocidas como ARN1 y ARN2 y ambas cadenas de ARN carecen de una tapa 5' y una cola poli (A) 3'. [4] [5] El ARN1 es necesario en la replicación, ya que codifica los componentes de la ARN replicasa. Este ARN contiene elementos estructurales dentro de la UTR 3' y 5' que provocan una traducción independiente de la tapa. A diferencia del ARN1, el ARN2 codifica una proteína de movimiento (MP) y el ARNm de ARN2 no contiene elementos estructurales dentro de las UTR que puedan provocar una traducción independiente de la tapa. La traducción del ARNm del ARN2 está ligada a la replicación del ARN2. [ cita necesaria ]
El ARN1 contiene varios elementos estructurales dentro de sus regiones no traducidas (UTR) que permiten la traducción independiente del límite. La 3' UTR contiene un elemento potenciador de la traducción, 3'TE-DR1, que provoca una traducción independiente de la tapa (un elemento de traducción independiente de la tapa ) y se predice que tendrá cinco estructuras de bucle de raíz . [6] Para que 3′TE-DR1 tenga un efecto en la traducción, se demostró que tanto secuencias como estructuras específicas deben estar presentes dentro de la 5′UTR de RNA1. Se demostró que la 5′UTR contiene cuatro estructuras de bucle de tallo donde todas estas estructuras secundarias contribuyen a afectar la traducción de manera eficiente. Se ha demostrado que Stem Loop1 es la estructura secundaria más importante dentro de la 5′UTR, ya que mutar o eliminar esta estructura de Stem Loop disminuye significativamente la eficiencia de la traducción y este efecto puede superarse mediante mutaciones compensatorias. [ cita necesaria ]
Se demostró que las estructuras secundarias dentro de la 5'UTR también desempeñan un papel en la estabilidad del ARN. La eliminación de la estructura secundaria se correlacionó con una disminución en la estabilidad del ARN. Una posible explicación para esto es que la estructura secundaria puede proteger al ARN de la actividad exonucleasa 5′-3′ . En el ARN1, se requieren ambos elementos estructurales dentro de la UTR 3' y 5' para que se produzca la traducción, ya que la UTR 3' contiene el elemento potenciador de la traducción y la UTR 5' contiene estructuras que ayudan a reclutar factores de traducción pero también actúan para aumentar la estabilidad del ARN. [ cita necesaria ]
La 3′UTR de RNA2 contiene un elemento de traducción independiente de Cap en forma de Y. Esta estructura y varios bucles de tallo posteriores son necesarios para la síntesis de la cadena negativa de ARN. [7]