Las elecciones estatales de São Paulo de 2006 se celebraron junto con las elecciones generales brasileñas , el 1 y el 29 de octubre de 2006. Desde 1994, como resultado de una enmienda constitucional que redujo el mandato presidencial a cuatro años, todas las elecciones federales y estatales de Brasil coinciden. Las elecciones estatales deciden a los gobernadores y a los diputados estatales para las Asambleas Legislativas. Además, los miembros del Congreso Nacional son elegidos por estado.
En general, las reglas de la elección presidencial se aplican también a la elección de gobernadores. Es decir, la votación se realiza en dos vueltas y, si nadie alcanza al menos la mayoría absoluta de los votos válidos, se realiza una segunda vuelta entre los dos candidatos más votados. Todos los candidatos que ocupaban puestos ejecutivos tuvieron que renunciar antes del 2 de abril de 2006 para poder presentarse como candidatos.
Los candidatos a gobernador de São Paulo fueron, sin ningún orden en particular: