Leonor de Prusia (en alemán: Eleonore von Preußen; 21 de agosto de 1583 - 9 de abril de 1607) fue una princesa del ducado de Prusia por nacimiento y electora de Brandeburgo por matrimonio.
Leonor fue la cuarta hija de Alberto Federico de Prusia (1553-1618), fruto de su matrimonio con María Leonor (1550-1608), hija del duque Guillermo "el Rico" de Jülich-Cléveris-Berg . La princesa creció con sus hermanas en el castillo de Königsberg .
Se casó con Joaquín Federico, elector de Brandeburgo (1546-1608), en Berlín el 2 de noviembre de 1603, como su segunda esposa. Se casaron por razones políticas: por un lado, Joaquín Federico esperaba fortalecer su influencia en Prusia, donde actuó como regente del padre demente de Leonor; por otro lado, esperaba obtener el control de Jülich-Cleves-Berg , la herencia materna de Leonor.
Leonor murió a los 23 años, poco después de dar a luz a su único hijo. Fue enterrada el 26 de abril de 1607 en la cripta familiar de la Casa de Hohenzollern, en la Catedral de Berlín .
De su matrimonio, Leonor tuvo una hija, María Leonor , que se casó con el conde palatino Luis Felipe, conde palatino de Simmern-Kaiserslautern en 1631.