La base de datos eggNOG es una base de datos de información biológica alojada por el EMBL . Se basa en la idea original de los COG (grupos de ortólogos) [2] [3] y amplía esa idea a grupos ortólogos no supervisados construidos a partir de numerosos organismos . [4] La base de datos se creó en 2007 [ 5] y se actualizó a la versión 4.5 en 2015. [1] eggNOG significa genealogía evolutiva de genes : grupos ortólogos no supervisados .
Referencias
- ^ ab Huerta-Cepas J, Szklarczyk D, Forslund K, Cook H, Heller D, Walter MC, Rattei T, Mende DR, Sunagawa S, Kuhn M, Jensen LJ, von Mering C, Bork P (2016). "eggNOG 4.5: un marco de ortología jerárquica con anotaciones funcionales mejoradas para secuencias eucariotas, procariotas y virales". Nucleic Acids Res . 44 (D1): D286–93. doi :10.1093/nar/gkv1248. PMC 4702882 . PMID 26582926.
- ^ Tatusov RL, Koonin EV, Lipman DJ (1997). "Una perspectiva genómica sobre las familias de proteínas". Science . 278 (5338): 631–7. Bibcode :1997Sci...278..631T. doi :10.1126/science.278.5338.631. PMID 9381173.
- ^ Tatusov RL, Galperin MY, Natale DA, Koonin EV (2000). "La base de datos COG: una herramienta para el análisis a escala genómica de las funciones y la evolución de las proteínas". Nucleic Acids Res . 28 (1): 33–6. doi :10.1093/nar/28.1.33. PMC 102395 . PMID 10592175.
- ^ Powell, Sean; Szklarczyk, Damian; Trachana, Kalliopi; Roth, Alexander; Kuhn, Michael; Muller, Jean; Arnold, Roland; Rattei, Thomas; Letunic, Ivica; Doerks, Tobias; Jensen, Lars J; von Mering, Christian; Bork, Peer (enero de 2012). "eggNOG v3.0: grupos ortólogos que cubren 1133 organismos en 41 rangos taxonómicos diferentes". Investigación de ácidos nucleicos . 40 (D1): D284–D289. doi :10.1093/nar/gkr1060. PMC 3245133 . PMID 22096231.
- ^ Jensen LJ, Julien P, Kuhn M, von Mering C, Muller J, Doerks T, Bork P (2008). "eggNOG: construcción automatizada y anotación de grupos ortólogos de genes". Nucleic Acids Res . 36 (número de la base de datos): D250–4. doi :10.1093/nar/gkm796. PMC 2238944 . PMID 17942413.
Enlaces externos
