En bioinformática , EcoCyc es una base de datos biológica de la bacteria Escherichia coli K-12. El proyecto EcoCyc realiza una curaduría basada en la literatura del genoma de E. coli , y de la regulación transcripcional, los transportadores y las vías metabólicas de E. coli . EcoCyc contiene resúmenes escritos de los genes de E. coli , extraídos de más de 36.000 artículos científicos. EcoCyc también es una descripción del genoma y las redes celulares de E. coli que ayuda a los científicos a realizar análisis computacionales. [2]
Los objetos de datos de la base de datos EcoCyc describen cada gen y producto génico de E. coli . Los objetos de la base de datos también describen interacciones moleculares, incluidas las vías metabólicas , los eventos de transporte y la regulación de la expresión génica. EcoCyc proporciona varias herramientas de visualización a escala del genoma para ayudar en el análisis de datos ómicos, como por ejemplo, pintando la expresión génica o los datos metabolómicos en la red reguladora completa de E. coli . [ cita requerida ]
Se puede acceder a EcoCyc a través del sitio web de EcoCyc, como un conjunto de archivos descargables y junto con el software Pathway Tools que se puede instalar localmente en computadoras Macintosh, PC/Windows y PC/Linux. El software descargable ofrece funciones que van mucho más allá de la versión web de EcoCyc. [ cita requerida ]