El equipo de fútbol americano Duquesne Dukes de 2016 representó a la Universidad Duquesne en la temporada de fútbol americano FCS de la División I de la NCAA de 2016. Fueron dirigidos por el entrenador en jefe de 12.º año Jerry Schmitt y jugaron sus partidos de local en el Arthur J. Rooney Athletic Field . Fueron miembros de la Conferencia Noreste . Terminaron la temporada 8-3, 5-1 en el juego NEC para terminar empatados por el título de la conferencia con Saint Francis (PA) . Debido a su derrota cara a cara con Saint Francis (PA), no recibieron la oferta automática de la NEC para los Playoffs de la FCS y no recibieron una oferta general.