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Dominio B3

El dominio de unión al ADN B3 (DBD) es un dominio altamente conservado que se encuentra exclusivamente en factores de transcripción (≥40 especies) ( Pfam PF02362) combinado con otros dominios ( InterPro :  IPR003340 ). Consta de 100-120 residuos, incluye siete cadenas beta y dos hélices alfa que forman un pliegue de proteína pseudobarril de unión al ADN ( SCOP 117343 ); interactúa con el surco mayor del ADN . [1]

Familias B3

En Arabidopsis thaliana , hay tres familias principales de factores de transcripción que contienen el dominio B3: [2]

PDB : 1WID ​[ 1] y PDB : 1YEL ​[ 8] son ​​las únicas estructuras en fase de solución de RMN conocidasdel dominio de unión al ADN B3.

Proteínas relacionadas

El dominio N-terminal de la endonucleasa de restricción EcoRII y el dominio C-terminal de la endonucleasa de restricción BfiI poseen un pliegue de proteína pseudobarril de unión al ADN similar . [9] [10]

Véase también

Referencias

  1. ^ abcde Yamasaki K, Kigawa T, Inoue M, Tateno M, Yamasaki T, Yabuki T, Aoki M, Seki E, Matsuda T, Tomo Y, Hayami N, Terada T, Shirouzu M, Osanai T, Tanaka A, Seki M, Shinozaki K, Yokoyama S (2004). "Estructura de la solución del dominio de unión al ADN B3 del factor de transcripción sensible al frío RAV1 de Arabidopsis". Plant Cell . 16 (12): 3448–59. doi :10.1105/tpc.104.026112. PMC  535885 . PMID  15548737.
  2. ^ Riechmann JL, Heard J, Martin G, Reuber L, Jiang C, Keddie J, Adam L, Pineda O, Ratcliffe OJ, Samaha RR, Creelman R, Pilgrim M, Broun P, Zhang JZ, Ghandehari D, Sherman BK, Yu G (2000). "Factores de transcripción de Arabidopsis: análisis comparativo de todo el genoma entre eucariotas". Science . 290 (5499): 2105–10. Bibcode :2000Sci...290.2105R. doi :10.1126/science.290.5499.2105. PMID  11118137.
  3. ^ Ulmasov T, Hagen G, Guilfoyle TJ (1997). "ARF1, un factor de transcripción que se une a elementos de respuesta a la auxina". Science . 276 (5320): 1865–8. doi :10.1126/science.276.5320.1865. PMID  9188533.
  4. ^ Tiwari SB, Hagen G, Guilfoyle TJ (2003). "Los roles de los dominios de factores de respuesta a auxinas en la transcripción sensible a auxinas". Plant Cell . 15 (2): 533–43. doi :10.1105/tpc.008417. PMC 141219 . PMID  12566590. 
  5. ^ Suzuki M, Kao CY, McCarty DR (1997). "El dominio B3 conservado de VIVIPAROUS1 tiene una actividad cooperativa de unión al ADN". Plant Cell . 9 (5): 799–807. doi :10.1105/tpc.9.5.799. PMC 156957 . PMID  9165754. 
  6. ^ Ezcurra I, Wycliffe P, Nehlin L, Ellerström M, Rask L (2000). "La transactivación del promotor de napina de Brassica napus por ABI3 requiere la interacción de los dominios B2 y B3 conservados de ABI3 con diferentes elementos cis: B2 media la activación a través de un ABRE, mientras que B3 interactúa con una caja RY/G". Plant J . 24 (1): 57–66. doi :10.1046/j.1365-313x.2000.00857.x. PMID  11029704.
  7. ^ Kagaya Y, Ohmiya K, Hattori T (1999). "RAV1, una nueva proteína de unión al ADN, se une a una secuencia de reconocimiento bipartita a través de dos dominios de unión al ADN distintos que se encuentran únicamente en plantas superiores". Nucleic Acids Res . 27 (2): 470–8. doi :10.1093/nar/27.2.470. PMC 148202 . PMID  9862967. 
  8. ^ Waltner, JK; Peterson, FC; Lytle, BL; Volkman, BF (2005). "Estructura del dominio B3 de la proteína At1g16640 de Arabidopsis thaliana". Protein Sci . 14 (9): 2478–83. doi :10.1110/ps.051606305. PMC 2253459 . PMID  16081658. 
  9. ^ Zhou XE, Wang Y, Reuter M, Mücke M, Krüger DH, Meehan EJ, Chen L (2004). "La estructura cristalina de la endonucleasa de restricción de tipo IIE EcoRII revela un mecanismo de autoinhibición mediante un nuevo pliegue de unión a efectores". J. Mol. Biol . 335 (1): 307–19. doi :10.1016/j.jmb.2003.10.030. PMID  14659759.
  10. ^ Grazulis S, Manakova E, Roessle M, Bochtler M, Tamulaitiene G, Huber R, Siksnys V (2005). "La estructura de la enzima de restricción independiente del metal BfiI revela la fusión de un dominio específico de unión al ADN con una nucleasa no específica" (PDF) . Proc. Natl. Sci. USA . 102 (44): 15797–802. Bibcode :2005PNAS..10215797G. doi : 10.1073/pnas.0507949102 . PMC 1266039 . PMID  16247004. 

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