El equipo de baloncesto masculino Jacksonville Dolphins 2016-17 representó a la Universidad de Jacksonville durante la temporada 2016-17 de baloncesto masculino de la División I de la NCAA . Los Dolphins, liderados por el entrenador en jefe de tercer año Tony Jasick, jugaron sus partidos en casa en el Swisher Gymnasium en el campus de la universidad en Jacksonville, Florida , como miembros de la Conferencia Atlantic Sun. Terminaron la temporada 17-16, 5-9 en el juego ASUN para terminar en sexto lugar. Perdieron en los cuartos de final del torneo ASUN ante North Florida . Fueron invitados al Torneo CollegeInsider.com donde perdieron en la primera ronda ante Saint Francis (PA) .
Los Dolphins terminaron la temporada 2015-16 con un récord de 16-16, 8-6 en el torneo ASUN y terminaron empatados en el segundo lugar. Perdieron en los cuartos de final del torneo ASUN contra Lipscomb .