La electroforesis en gel diferencial ( DIGE ) es una forma de electroforesis en gel en la que se pueden marcar hasta tres muestras de proteínas diferentes con colorantes fluorescentes con resolución espectral y tamaño y carga coincidentes (por ejemplo, Cy3, Cy5, Cy2) antes de la electroforesis en gel bidimensional . [1]
Las tres muestras se mezclan y se cargan en IEF ( cromatografía de isoelectroenfoque ) para la primera dimensión y la tira se transfiere a una SDS PAGE. Después de la electroforesis en gel, el gel se escanea con la longitud de onda de excitación de cada colorante uno tras otro, de modo que cada muestra se pueda ver por separado (si escaneamos el gel con la longitud de onda de excitación del colorante Cy3, veremos en el gel solo la muestra que fue marcada con ese colorante). Esta técnica se utiliza para ver cambios en la abundancia de proteínas (por ejemplo, entre una muestra de una persona sana y una muestra de una persona con una enfermedad), modificaciones postraduccionales, truncamientos y cualquier modificación que pueda cambiar el tamaño o el punto isoeléctrico de las proteínas. Los cambios binarios pueden ser de izquierda a derecha (cambio en el punto isoeléctrico), verticales (cambio en el tamaño) o diagonales (cambio tanto en el tamaño como en el punto isoeléctrico). El etiquetado recíproco se realiza para asegurarse de que los cambios observados no se deben a interacciones dependientes del colorante. [ cita requerida ]
Supera las limitaciones de la electroforesis 2D tradicional que se deben a la variación entre geles, que puede ser considerable incluso con muestras idénticas. Dado que las proteínas de los diferentes tipos de muestra (por ejemplo, sanas/enfermas, virulentas/no virulentas) se analizan en el mismo gel, se pueden comparar directamente. Hacer esto con la electroforesis 2D tradicional requiere un gran número de repeticiones que consumen mucho tiempo. [ cita requerida ]
En experimentos que comprenden varios geles, una técnica común es incluir un estándar interno en cada gel. El estándar interno se prepara mezclando varias o todas las muestras del experimento. Esto permite medir la abundancia de una proteína en cada muestra en relación con el estándar interno. Dado que se sabe que las cantidades de cada proteína en el estándar interno son las mismas en todos los geles, este método reduce la variación entre geles. [2]