Familias de Proteínas Estructuralmente Similares o FSSP es una base de datos de proteínas estructuralmente superpuestas generadas utilizando el algoritmo "Distance-matrix ALIgnment" (DALI) . La base de datos contiene actualmente una familia estructural extendida para cada una de las 330 cadenas de proteínas representativas. Cada conjunto de datos contiene alineaciones estructurales de una estructura de búsqueda con todas las demás proteínas estructuralmente significativamente similares en el conjunto representativo (homólogos remotos, < 30% de identidad de secuencia), así como todas las estructuras en el Banco de Datos de Proteínas con un 70-30% de identidad de secuencia en relación con la estructura de búsqueda (homólogos medianos). Los homólogos muy cercanos (por encima del 70% de identidad de secuencia) se excluyen ya que rara vez tienen diferencias estructurales marcadas. Las alineaciones de homólogos remotos son el resultado de comparaciones estructurales de todos contra todos por pares en el conjunto de 330 cadenas de proteínas representativas. Todas estas comparaciones se basan puramente en las coordenadas 3D de las proteínas y se derivan de programas de comparación de estructura automáticos (objetivos). La importancia de la similitud estructural se estima en base a criterios estadísticos. La base de datos FSSP está disponible electrónicamente desde el servidor de archivos EMBL y mediante FTP anónimo (protocolo de transferencia de archivos). [1] La base de datos es útil para la comparación de estructuras de proteínas .