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Culturómica (microbiología)

La culturómica es el cultivo celular de alto rendimiento de bacterias que tiene como objetivo identificar de forma exhaustiva cepas o especies en muestras obtenidas de tejidos como el intestino humano o del medio ambiente . [1] [2] [3] Este enfoque fue concebido como un método alternativo y complementario a la metagenómica , que se basa en la presencia de secuencias homólogas para identificar nuevas bacterias. [3] Debido a la limitada información filogenética disponible sobre las bacterias, los datos metagenómicos generalmente contienen grandes cantidades de "materia oscura microbiana", secuencias de origen desconocido. [4] La culturómica proporciona algunas de las lagunas faltantes con la ventaja añadida de permitir el estudio funcional de los cultivos generados. Su principal inconveniente es que muchas especies bacterianas siguen siendo efectivamente incultivables hasta que se comprendan mejor sus condiciones de crecimiento. Por lo tanto, la optimización del enfoque de la culturómica se ha realizado mejorando las condiciones de cultivo. [5] [6]

A diferencia de la metagenómica, que se basa en la secuenciación directa shotgun o en la secuenciación del gen 16S rRNA , la culturómica se basa en la espectrometría de masas de desorción/ionización láser asistida por matriz – tiempo de vuelo (MALDI-TOF) . [2] [3] Sin embargo, la culturómica también utiliza la secuenciación del ARN 16S para identificar nuevas especies. [7]

Véase también

Referencias

  1. ^ Lagier J, Armougom F, Million M, et al. (diciembre de 2012). "Culturómica microbiana: cambio de paradigma en el estudio del microbioma intestinal humano". Microbiología clínica e infecciones . 18 (12): 1185–1193. doi : 10.1111/1469-0691.12023 . PMID  23033984.
  2. ^ ab Lagier J, Khelaifia S, Alou M, et al. (diciembre de 2016). "Cultivo de miembros no cultivados previamente de la microbiota intestinal humana mediante culturómica". Nature Microbiology . 1 (12): 16203. doi : 10.1038/nmicrobiol.2016.203 . PMID  27819657.
  3. ^ abc Greub, G. (diciembre de 2012). "Culturomics: un nuevo enfoque para estudiar el microbioma humano". Microbiología clínica e infecciones . 18 (12): 1157–1159. doi : 10.1111/1469-0691.12032 . PMID:  23148445.
  4. ^ Rinke C, Schwientek P, Sczyrba A, et al. (25 de julio de 2013). "Información sobre la filogenia y el potencial de codificación de la materia oscura microbiana". Nature . 499 (7459): 431–437. Bibcode :2013Natur.499..431R. doi : 10.1038/nature12352 . hdl : 10453/27467 . PMID  23851394.
  5. ^ Diakite A, Dubourg G, Dione N, et al. (diciembre de 2020). "Optimización y estandarización de la técnica de culturómica para la exploración del microbioma humano". Scientific Reports . 10 (1): 9674. Bibcode :2020NatSR..10.9674D. doi : 10.1038/s41598-020-66738-8 . PMC 7295790 . PMID  32541790. 
  6. ^ Chang Y, Hou F, Pan Z, et al. (17 de diciembre de 2019). "Optimización de la estrategia de culturómica en muestras fecales humanas". Frontiers in Microbiology . 10 : 2891. doi : 10.3389/fmicb.2019.02891 . PMC 6927924 . PMID  31921067. 
  7. ^ Diakite A, Dubourg G, Dione N, et al. (21 de octubre de 2019). "La culturómica extensa de 8 muestras sanas mejora la eficiencia de la metagenómica". PLOS ONE . ​​14 (10): e0223543. Bibcode :2019PLoSO..1423543D. doi : 10.1371/journal.pone.0223543 . PMC 6802823 . PMID  31634343. (Este artículo actualmente tiene una expresión de preocupación , consulte doi : 10.1371/journal.pone.0278361, PMID  36512561, Retraction Watch . Si se trata de una cita intencional a un artículo de este tipo, reemplácelo con . ){{expression of concern|...}}{{expression of concern|...|intentional=yes}}

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