Académicos de Atlas fue un equipo de reserva de Atlas , en la temporada 2005-06 conocido como Coyotes de Sonora .
En la temporada 2004-05 de Segunda División de México , Académicos ganó el campeonato de apertura y cierre del grupo Liguilla de Ascenso y ascendió al Ascenso MX .
El club cambió su nombre a Coyotes y se trasladó a Hermosillo , Sonora , pero permaneció como parte de Atlas. Después de una temporada, el club volvió a cambiar su nombre a Académicos.
En la temporada 2007-08, el club tuvo su base en Tonalá, Jalisco y en la temporada 2008-09, en Guadalajara . Después de la reconstrucción de la Primera División A, el equipo se disolvió, pero Atlas todavía tenía equipos que jugaban desde la 7.ª división hasta la 2.ª división.