La correlación horizontal es una metodología para el análisis de secuencias de genes . En lugar de referirse a una técnica específica, la correlación horizontal abarca una variedad de enfoques para el análisis de secuencias que están unificados por dos temas específicos:
Las ideas centrales del enfoque de correlación horizontal fueron presentadas por primera vez en un artículo del año 2000 por Grosse, Herzel, Buldyrev y Stanley (Grosse, et al. 2000). En esta primera formulación, Grosse y sus colegas intentaron caracterizar una secuencia genética grande dividiéndola en regiones codificantes y no codificantes. Mientras que los enfoques tradicionales para el problema de codificación versus no codificación generalmente se basaban en sofisticados sistemas de reconocimiento de patrones que primero se entrenaban con pequeñas entradas y luego se ejecutaban en toda la secuencia (Ohler, et al. 1999), el enfoque de correlación horizontal de Grosse y sus colegas trabajaron en cambio dividiendo la secuencia en muchos fragmentos de secuencia relativamente cortos, cada uno de sólo 500 pares de bases de longitud. Luego buscaron caracterizar cada uno de estos fragmentos como codificantes o no codificantes. Esto se logró comparando cada ventana de tamaño 3 a lo largo de un fragmento con la primera ventana de tamaño 3 en ese fragmento, y luego midiendo el valor de la función de información mutua entre las dos ventanas. Se descubrió que las secuencias codificantes mostraban un patrón estilizado de periodicidad 3 que las secuencias no codificantes no presentaban. Este patrón fue fácil de reconocer y permitió una identificación de regiones codificantes significativamente más rápida e independiente de la especie (Grosse, et al. 2000).
Desde el año 2000, las metodologías de correlación horizontal que enfatizan la medición de cantidades teóricas de información a lo largo de una secuencia genética se han utilizado ampliamente, e incluso han encontrado aplicación en el ensamblaje de fragmentos de secuenciación escopeta (Otu y Sayood, 2004).