La Copa do Brasil 1999 fue la undécima edición de la Copa do Brasil .
La competición comenzó el 28 de enero de 1999 y concluyó el 27 de junio de 1999, con el partido de vuelta de la final, disputado en el Estádio do Maracanã de Río de Janeiro , en el que la Juventude levantó por primera vez el trofeo al empatar 0-0 con el Botafogo .
Romário , del Flamengo , y Dejan Petković , del Vitória , con 7 goles cada uno, fueron los máximos goleadores de la competición.
La competición fue disputada por 65 clubes en formato de eliminatorias donde todas las rondas se jugaron a doble partido y se utilizó la regla de los goles de visitante , a excepción del partido preliminar, que se jugó a un solo partido, y en las dos primeras rondas si el equipo visitante ganaba el partido de ida con una ventaja de al menos dos goles, no se jugaba el partido de vuelta y el club clasificaba automáticamente a la siguiente ronda.