Los eventos de la Copa del Mundo de ciclocross UCI 2008-2009 y la competencia de toda la temporada se llevaron a cabo entre el 19 de octubre de 2008 y el 25 de enero de 2009 y están patrocinados por la Union Cycliste Internationale (UCI). Se organizaron nueve pruebas, las mismas que la Copa del Mundo de ciclocross UCI 2007-2008 , aunque las pruebas de Liévin y Hoogerheide fueron sustituidas por Nommay , una antigua carrera de la Copa del Mundo, y Roubaix , que se celebró por primera vez en 2006. Hoogerheide acoge la Campeonato del Mundo de Ciclocross UCI 2009 .