La Copa de Fútbol de Macedonia 2005-06 fue la 14.ª temporada de la competición eliminatoria de fútbol de Macedonia . Bashkimi fue el campeón defensor, tras haber ganado su primer título. El campeón de 2005-06 fue Makedonija GP, que también ganó su primer título.
Los partidos se jugaron el 31 de julio de 2005.
Los partidos de ida se jugaron el 14 de septiembre y los de vuelta el 19 de octubre de 2005.
Los partidos de ida se jugaron el 2 de noviembre y los de vuelta el 30 de noviembre de 2005.
Los partidos de ida se jugaron el 5 de abril y la vuelta el 10 de mayo de 2006.
Shkëndija 79 ganó 2-1 en el global.
El GP de Macedonia ganó 3-2 en el global.