La Copa de Fútbol de Macedonia 2002-03 fue la undécima temporada de la competición eliminatoria de fútbol de Macedonia . El Pobeda fue el campeón defensor, tras haber ganado su primer título. El campeón de 2002-03 fue el Cementarnica 55, que también ganó su primer título.
Los partidos se jugaron el 4 de agosto de 2002.
Los partidos de ida se jugaron el 25 de septiembre y los de vuelta el 30 de octubre de 2002.
Los partidos de ida se jugaron el 2 de noviembre y los de vuelta el 27 de noviembre de 2002.
Los partidos de ida se jugaron el 19 de marzo y los de vuelta el 23 de abril de 2003.
Cementarnica 55 ganó 2-1 en el global.
Sloga Jugomagnat ganó 2-1 en el global.