La Copa de Fútbol de Eslovenia 1999-2000 fue la novena temporada de la Copa de Fútbol de Eslovenia , la competición eliminatoria de fútbol de Eslovenia.
Olimpija ganó 6-2 en el global.
Korotan ganó 3-0 en el global.
Gorica ganó 5-4 en el global.
El Maribor ganó 5-2 en el global.
Korotan Prevalje ganó 4-3 en el global.
Olimpija ganó 3-2 en el global.
Olimpija ganó 3-2 en el global.