La Copa de Fútbol de Macedonia 2003-04 fue la duodécima temporada de la competición eliminatoria de fútbol de Macedonia . El Cementarnica 55 fue el campeón defensor, tras haber ganado su primer título. El campeón de 2003-04 fue el Sloga Jugomagnat , que ganó su tercer título después de aparecer en su octava final en nueve temporadas.
Los partidos se jugaron el 3 de agosto de 2003.
Los partidos de ida se jugaron el 1 de octubre y los de vuelta el 22 de octubre de 2003.
Los partidos de ida se jugaron el 26 de noviembre y los de vuelta el 3 de diciembre de 2003.
Los partidos de ida se jugaron el 10 de marzo y la vuelta el 15 de abril de 2004.
2-2 en el global. Napredok ganó por el valor doble de los goles marcados fuera de casa.
2-2 en el global. Sloga Jugomagnat ganó por el valor doble de los goles marcados fuera de casa.