La Copa de Eslovaquia 2009-10 fue la 41.ª temporada de la competición anual de copa eliminatoria de Eslovaquia y la decimoséptima desde la independencia de Eslovaquia . Comenzó el 5 de agosto de 2009 con los partidos de la primera ronda y terminó el 11 de mayo de 2010 con la final. Los ganadores de la competición obtuvieron un lugar en la tercera ronda de clasificación de la UEFA Europa League . Košice fue el campeón defensor.
Los partidos se jugaron el 5 de agosto de 2009.
Los partidos se jugaron los días 22 y 23 de septiembre de 2009.
Los partidos se jugaron los días 20 y 21 de octubre de 2009.
Los partidos de ida se jugaron el 3 y 4 de noviembre de 2009. Los partidos de vuelta se jugaron el 24 y 25 de noviembre de 2009.
Los partidos de ida se jugaron el 6 de abril de 2010. Los partidos de vuelta se jugaron el 20 de abril de 2010.