La Copa de Eslovaquia 2005-06 fue la 37.ª temporada de la competición anual de copa eliminatoria de Eslovaquia [1] y la decimotercera desde la independencia de Eslovaquia . Comenzó el 2 de agosto de 2005 con los partidos de la primera ronda y finalizó el 8 de mayo de 2006 con la final. Los ganadores de la competición obtuvieron un lugar en la primera ronda de clasificación de la Copa de la UEFA. El Dukla Banská Bystrica fue el campeón defensor.
Los siete partidos se jugaron el 2 de agosto de 2005 y los siete partidos se jugaron el 3 de agosto de 2005.
Los cuatro partidos se jugaron el 30 de agosto de 2005 y los cuatro partidos se jugaron el 31 de agosto de 2005.
Los partidos de ida se jugaron el 18 de octubre de 2005, con excepción del Artmedia Bratislava – FC Senec, que se jugó el 5 de octubre de 2005. Los partidos de vuelta se jugaron el 25 de octubre de 2005.
Los partidos de ida se jugaron el 28 y 29 de marzo de 2006. Los partidos de vuelta se jugaron el 11 y 12 de abril de 2006.