La Copa Intertoto 1963-64 fue ganada por el Slovnaft Bratislava , que retuvo el trofeo que había ganado la temporada anterior al derrotar al Polonia Bytom en la final. El torneo se amplió para esta temporada, con 48 clubes inscritos en comparación con los 32 de los años anteriores, incluidos los primeros clubes de Bélgica que jugaron la Copa Intertoto, lo que significó que se agregó una ronda eliminatoria adicional entre la fase de grupos y los cuartos de final.
OFK Belgrado
Equipos del Estrella Roja de Berlín Tasmania Berlín Equipos del Vorwärts Berlín Bratislava
Slovnaft Bratislava Equipos del Slovan Bratislava Gotemburgo
IFK Gotemburgo
Equipos de Örgryte Primera Viena Rápido Schwechat Aire acondicionado de Viena
Marrón: Grupo A1;
Verde: Grupo A2;
Rosa intenso: Grupo A3;Amarillo: Grupo A4;Rojo: Grupo B1;Cian: Grupo B2;Azul: Grupo B3;Púrpura: Grupo B4;Rosa: Grupo C1;Turquesa: Grupo C2;Verde primavera: Grupo C3;Naranja: Grupo C4.Los equipos se dividieron en doce grupos de cuatro clubes cada uno. Los grupos se dividieron geográficamente como 'A', para Bélgica, Francia, Italia y Suiza; 'B' para Austria, Países Bajos, Suecia y Alemania Occidental; y 'C' para Checoslovaquia, Alemania Oriental, Polonia y Yugoslavia. Los doce ganadores de grupo (mostrados en negrita en las tablas a continuación) avanzaron a las rondas eliminatorias, donde los clubes de cada una de las tres zonas, 'A', 'B' y 'C', se mantuvieron separados.
El partido Sosnowiec - Jena fue suspendido porque el Jena se quedó con muy pocos jugadores (debido a lesiones y expulsiones), por lo que el marcador en ese momento se mantuvo vigente.
1. El Odra Opole avanzó a las semifinales mediante un sorteo.
Se jugó a 1 partido, en Viena (sede neutral).
