La temporada 1939 del torneo de clubes de fútbol Copa Mitropa fue ganada por el Újpest , que derrotó al equipo húngaro Ferencváros por un global de 6-3 en la final. Fue la tercera final consecutiva del Ferencváros y la segunda y última victoria del Újpest en la competición.
Esta fue la 13ª edición del torneo. El campeón de la temporada pasada, el Slavia de Praga, fue eliminado en cuartos de final por el equipo yugoslavo Beogradski SK .