La Copa J. League 2003 , oficialmente Copa Yamazaki Nabisco J. League 2003 , fue la primera edición del torneo de la Copa de la Liga de Fútbol de Japón y la undécima edición bajo el formato actual de la Copa J. League . El campeonato comenzó el 8 de marzo y finalizó el 3 de noviembre de 2003.
En el torneo participaron equipos de la J1. Kashima Antlers y Shimizu S-Pulse pasaron directamente a los cuartos de final gracias a su clasificación para la Liga de Campeones de la AFC . El resto de los 14 equipos comenzaron desde la fase de grupos, donde se dividieron en cuatro grupos. Los ganadores de cada grupo se clasifican para los cuartos de final junto con los subcampeones de los grupos A y B, y los dos equipos que se clasificaron para la Liga de Campeones de la AFC.