La Copa Intertoto 1965-66 la ganó el 1. FC Lokomotive Leipzig , que había perdido la final de la temporada anterior (bajo su nombre anterior de SC Leipzig ). Derrotaron al IFK Norrköping . Después de experimentar con doce grupos con un total de 48 clubes durante dos años (aunque últimamente sólo se reclutaron 44 clubes para llenar once grupos), la competición volvió a su formato original con 32 clubes divididos en ocho grupos. Como resultado, los clubes pasaron directamente a los cuartos de final después de la fase de grupos, mientras que en temporadas anteriores también se requería una primera ronda.
Los equipos se dividieron en ocho grupos de cuatro clubes cada uno. Los clubes de los Países Bajos, Suecia, Suiza y Alemania Occidental se ubicaron en los grupos "A"; mientras que los clubes de Checoslovaquia, Alemania del Este, Polonia y Yugoslavia se ubicaron en los grupos "B". Los ocho ganadores de grupo avanzaron a las rondas eliminatorias.
1 Chemie Leipzig avanzó a las semifinales mediante un sorteo.
1 Norrköping avanzó a la final mediante un sorteo.
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