La Copa Hun Sen fue el principal torneo eliminatorio de fútbol en Camboya . La Copa Hun Sen de 2016 fue la décima temporada de la Copa Hun Sen, el principal torneo eliminatorio para clubes de fútbol de asociación en Camboya en el que participan equipos de la Liga camboyana y provinciales organizado por la Federación de Fútbol de Camboya .
Preah Khan Reach Svay Rieng fueron los campeones defensores, tras vencer a Nagaworld 2-1 en la final de la temporada anterior.
Los 17 equipos de las provincias de seis zonas se dividieron en seis grupos y jugaron la ronda clasificatoria. Cada grupo jugó con un sistema de ida y vuelta.
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Los 14 equipos restantes de la ronda de clasificación con los 10 equipos de la Liga Camboyana 2015 del 1 al 10 (Build Bright United se retiró y fue reemplazado por Western Phnom Penh) ingresaron a la fase de grupos. Cada grupo jugó en una ronda de todos contra todos en los anfitriones preseleccionados. Los equipos que terminaron en las dos primeras posiciones en cada uno de los cuatro grupos (resaltados en las tablas) en la fase de grupos avanzaron a los cuartos de final.
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