La Copa de la República Checa 2008-09 fue la 16.ª edición del torneo anual de eliminación directa de fútbol organizado por la Asociación Checa de Fútbol de la República Checa . Comenzó el 20 de julio de 2008 con la ronda preliminar y finalizó con la final el 27 de mayo de 2009.
Teplice se impuso en el Stadion Evžena Rošického de Praga en la Copa del 27 de mayo de 2009 derrotando al 1. FC Slovácko por 1-0. 4.820 asistentes.
Los partidos de ida se jugaron el 8 y 9 de abril de 2009. Los partidos de vuelta se jugaron el 22 y 23 de abril de 2009.
Los partidos de ida se jugaron el 6 y 7 de mayo de 2009. Los partidos de vuelta se jugaron el 13 de mayo de 2009.