FastContact es un algoritmo para la estimación rápida de energías libres de contacto y enlace para estructuras de complejos proteína-proteína . Se basa en un potencial de contacto de desolvatación determinado estadísticamente y en la electrostática de Coulomb con una constante dieléctrica dependiente de la distancia . La aplicación también informa las energías libres de contacto de los residuos que resaltan rápidamente los puntos calientes de la interacción.
El programa fue escrito en Fortran 77 por Carlos J. Camacho y Chao Zhang en el Departamento de Biología Computacional de la Universidad de Pittsburgh , PA. [1] P. Christoph Champ instaló un servidor web para ejecutar FastContact en línea o descargar el binario en julio de 2005. [2] [3]
Referencias
- ^ Camacho CJ, Zhang C (2005). "FastContact: estimación rápida de energías libres de contacto y enlace". Bioinformática . 21 (10): 2534–2536. doi : 10.1093/bioinformatics/bti322 . PMID 15713734.
- ^ Camacho CJ, Ma H, Champ PC (2006). "Puntuación de un conjunto diverso de conformaciones acopladas de alta calidad: una metapuntuación basada en interacciones electrostáticas y de desolvatación". Proteins . 63 (4): 868–877. doi :10.1002/prot.20932. PMID 16506242. S2CID 13143572.
- ^ Champ PC, Camacho CJ (2007). "FastContact: una herramienta de puntuación de energía libre para estructuras de complejos proteína-proteína". Nucleic Acids Res . 35 (Adición web): W556–60. doi :10.1093/nar/gkm326. PMC 1933237 . PMID 17537824.
Enlaces externos
- Binarios de FastContact: los binarios están disponibles gratuitamente para descargar (con documentación).
- Servidor FastContact: creado por P. Christoph Champ en julio de 2005.
- Wiki de FastContact
