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Consorcio de Genómica Estructural de la Tuberculosis

El Consorcio de Genómica Estructural de la Tuberculosis (TBSGC) es un consorcio mundial de científicos que desarrolla una base para el diagnóstico y tratamiento de la tuberculosis mediante la determinación de las estructuras tridimensionales de las proteínas de M. tuberculosis , fundado en 2000 como parte de la Iniciativa de Estructura de Proteínas . [1] [2] El consorcio busca resolver las estructuras de las proteínas que son de gran interés para la comunidad de biología de la tuberculosis. [3] Un objetivo principal del consorcio es tener una función putativa para cada ORF en el genoma de la tuberculosis .

Actividades

Hasta junio de 2006, se habían determinado 82 estructuras de proteínas de tuberculosis, 15 de ellas desde el 1 de enero de 2006. La base de datos de información estructural y funcional vinculada que se ha construido utilizando esta información puede formar una base duradera para comprender la patogénesis de M. tuberculosis y para el diseño de fármacos basado en la estructura. [ cita requerida ]

En junio de 2006, el Consorcio de Genómica Estructural de la TB consta de 430 miembros activos en 148 laboratorios de 83 instituciones en 15 países. [3] Los laboratorios del consorcio son colectivamente responsables del 3,3% de todas las estructuras de proteínas en el banco de datos de proteínas y tienen amplios registros de desarrollo de métodos. Los miembros del consorcio han llevado a cabo un proyecto piloto sobre la genómica estructural de un hipertermófilo que ha identificado cuellos de botella en el proceso de determinación de la estructura y ha dado como resultado el desarrollo de metodologías para la determinación y el análisis de la estructura de alto rendimiento. El consorcio tiene cinco instalaciones centrales (ubicadas en el Laboratorio Nacional Lawrence Livermore , el Laboratorio Nacional Los Alamos , el Laboratorio Nacional Lawrence Berkeley , la Universidad de California en Los Ángeles y la Universidad Texas A&M ) que llevan a cabo una fracción cada vez mayor de tareas rutinarias como la producción de proteínas, la cristalización y la recopilación de datos de rayos X. Los miembros del consorcio mejoran su productividad enviando materiales a estas instalaciones, recibiendo los productos o datos resultantes e informando esta actividad a la base de datos. Esto ayuda a minimizar la búsqueda redundante de objetivos. Esta información estructural y funcional está disponible públicamente. [ cita requerida ]

Las cinco instalaciones principales de que disponen los miembros del consorcio proporcionan servicios de clonación, expresión y purificación de proteínas, así como de cristalización y posterior difracción y análisis de datos de cristales de proteínas. [4] Además, se ha desarrollado una base de datos para registrar toda la actividad realizada dentro del consorcio. Esta base de datos también rastrea el movimiento de materiales entre los miembros y permite registrar el estado actualizado y ponerlo a disposición de todos los demás miembros. [ cita requerida ]

Referencias

  1. ^ Grabowski, Marek; Niedzialkowska, Ewa; Zimmerman, Matthew D.; Minor, Wladek (1 de marzo de 2016). "El impacto de la genómica estructural: el primer quinquenio". Revista de genómica estructural y funcional . 17 (1): 1–16. doi :10.1007/s10969-016-9201-5. ISSN  1570-0267. PMC  4834271 . PMID  26935210.
  2. ^ Terwilliger, T. C; Park, M. S; Waldo, G. S; Berendzen, J; Hung, L. -W; Kim, C. -Y; Smith, C. V; Sacchettini, J. C; Bellinzoni, M; Bossi, R; De Rossi, E (1 de agosto de 2003). "El consorcio de genómica estructural de la tuberculosis: un recurso para la biología de Mycobacterium tuberculosis". Tuberculosis . 83 (4): 223–249. doi :10.1016/S1472-9792(03)00051-9. ISSN  1472-9792. PMID  12906835.
  3. ^ ab Chim, Nicholas; Habel, Jeff E.; Johnston, Jodie M.; Krieger, Inna; Miallau, Linda; Sankaranarayanan, Ramasamy; Morse, Robert P.; Bruning, John; Swanson, Stephanie; Kim, Haelee; Kim, Chang-Yub (marzo de 2011). "El Consorcio de Genómica Estructural de la TB: una década de progreso". Tuberculosis (Edimburgo, Escocia) . 91 (2): 155–172. doi :10.1016/j.tube.2010.11.009. ISSN  1873-281X. PMC 3310434. PMID 21247804  . 
  4. ^ Rupp, B.; Segelke, B. W.; Krupka, HI; Lekin, T.; Schäfer, J.; Zemla, A.; Toppani, D.; Snell, G.; Earnest, T. (26 de septiembre de 2002). "La instalación de cristalización del consorcio de genómica estructural de TB: hacia la automatización desde la proteína hasta la densidad electrónica". Acta Crystallographica Sección D: Cristalografía biológica . 58 (10): 1514–1518. Bibcode :2002AcCrD..58.1514R. doi :10.1107/s0907444902014282. PMID  12351851 . Consultado el 5 de marzo de 2022 .

Enlaces externos