La Misión de San José de Comondú fue una de las misiones jesuitas establecidas a principios del siglo XVIII en Baja California Sur , México, al oeste de Loreto, sobre un arroyo que desemboca en la costa del Pacífico. A lo largo de su existencia, la misión fue reubicada dos veces.
La misión debe su nombre a San José y al asentamiento indígena Cochimí de Comondú.
"Comondú Viejo" fue fundada en 1709 por el misionero Julián de Mayorga y financiada por el Marqués de Villapuente de la Peña y su esposa, la Marquesa de las Torres de Rada. La ubicación resultó poco ideal como asentamiento agrícola. Una epidemia de viruela en 1710 mató a la mitad de los neófitos de la misión. La misión fue trasladada a su segundo sitio en 1736, y Comondú Viejo se convirtió en una visita o estación de misión subordinada. Sobreviven los cimientos de la capilla y partes de un sistema de irrigación.
La nueva ubicación de Comondú se encontraba a unos 50 kilómetros al suroeste, en lo que anteriormente había sido la visita de San Miguel. Esta ubicación volvió a ser considerada visita en 1737, aunque sobreviven muchos restos estructurales de la misión.
La ubicación definitiva de la misión se encontraba a unos 3 kilómetros río arriba de San Miguel. Primero se levantaron estructuras de adobe y, después de 1750, un gran edificio de piedra. Sin embargo, la población de neófitos disminuyó de más de 300 en 1740 a 80 en 1768 y 28 en 1800. La misión dejó de funcionar en 1827. Sobrevivieron importantes restos arquitectónicos hasta el siglo XX, pero los edificios existentes han sido ampliamente renovados.
Se cuenta que un gobernador ordenó demoler los restos de la misión con dinamita en 1930 para utilizar la piedra resultante de las ruinas para construir una escuela. Es un hecho notable, ya que en la región abunda la piedra.
