El Torneo Argentino A 2006-07 [1] fue la duodécima temporada de la tercera división del fútbol profesional de Argentina . Participaron un total de 24 equipos; el campeón ascendió a la Primera B Nacional .
La final se disputó entre el ganador del Apertura, Desamparados y el ganador del Clausura, Guillermo Brown . Pero como Desamparados tuvo que jugar el Playoff de Descenso, entonces Independiente Rivadavia , como mejor equipo de la clasificación general, ocupó su lugar.
Esta temporada se vio empañada por dos escándalos de arreglo de partidos que alteraron el curso normal de la competición.
El primero involucró a Central Norte y 9 de Julio (R) , que debían jugar en la ronda 14 del Torneo Clausura 2007. Central Norte ya había descendido al Torneo Argentino B debido a la victoria de Talleres (P) y le da intencionalmente un penal a 9 de Julio (R) en los últimos instantes del partido, lo que le permite clasificar a la Etapa Final y evitar de la misma manera la clasificación de Juventud Antoniana , el rival de ciudad de Central Norte. El partido terminó 0-1 debido al penal, pero luego de esto, en la TV se encontró que ambos directores técnicos estaban hablando en medio del partido. El Consejo Federal decidió dar el partido como derrota para ambos equipos 0-1, reemplazó a Juventud Antoniana por 9 de Julio (R) en la Etapa Final, suspendió a ambos directores técnicos y al árbitro y le quitó 6 puntos a ambos equipos (Central Norte y 9 de Julio (R)) para la próxima temporada.
3 días después, en un partido entre Desamparados y San Martín (M) ocurrió algo similar. Para Desamparados, Campeón del Torneo Apertura, una derrota significaba, debido a su muy mala actuación en el Torneo Clausura, que debía jugar el Playoff de Descenso, perdiendo la posibilidad de jugar por el ascenso a Primera B Nacional , y su lugar lo ocuparía Independiente Rivadavia (rival de ciudad de San Martín (M)). San Martín (M), por su parte, con un empate evitaba el Playoff de Descenso, por lo que el empate beneficiaba a ambos equipos: Desamparados evitaría el Playoff de Descenso y jugaría la Final por el ascenso, y San Martín evitaría también el Playoff de Descenso e impediría a su rival de ciudad, Independiente Rivadavia, jugar la Final por el Ascenso. El más perjudicado era Juventud Unida Universitario porque debía jugar el Playoff de Descenso. El partido terminó 0-0. Días después, Juventud Unida Universitario presentó una denuncia y un video en el que se ve a un jugador de San Martín (M) admitiendo que Desamparados le ofreció un incentivo de $30.000. El Consejo Federal decidió dar el partido como derrota para ambos equipos por 0-1 y le descontó 9 puntos a ambos equipos por lo que San Martín (M) descendió al Torneo Argentino B y Desamparados tuvo que jugar el Playoff de Descenso (esto benefició a Gimnasia y Esgrima (Mza) y Juventud Unida Universitario, quienes fueron desplazados de los últimos lugares de la tabla. Así, Independiente Rivadavia jugó la Final para ascender.