La Iglesia de Santa Gertrudis ( lituano : Šv. Gertrūdos bažnyčia ) está situada en el casco antiguo de Kaunas y es una de las iglesias góticas de ladrillo y edificios de arquitectura gótica más antiguos de Lituania . Ubicada justo al lado de Laisvės alėja (Avenida de la Libertad), la iglesia está algo escondida y se puede acceder desde Laisves aleja a través de una puerta en un hotel que se encuentra cerca del edificio de la Corte en Laisves alėja.
Se desconoce la fecha exacta en la que se construyó la iglesia, pero debió ser en el siglo XV. Fue construida como capilla de cementerio en el lugar del antiguo cementerio cerca de la frontera de la ciudad, cerca de la carretera que conduce a Vilnius. En 1503, el gran duque de Lituania y rey de Polonia, Alejandro, designó la iglesia como iglesia parroquial de Kaunas. A mediados del siglo XVI se le añadió un campanario. La iglesia sufrió daños en 1655 durante la guerra ruso-polaca (1654-1667) . No fue reconstruida hasta 1680. Hacia 1750 se adjuntó a la iglesia un hospital de madera. En 1782 estuvo abandonado durante mucho tiempo y en ese momento residían 5 monjes de la orden de San Roque . En 1796, se renovó la iglesia, se instalaron órganos y se estableció la vivienda para un párroco . La iglesia fue consagrada en 1794.
En 1812 Kaunas sufrió un gran incendio que también dañó la iglesia. El hospital fue abandonado y en 1824 trasladado a la orden hermana de Cáritas. El monasterio fue cerrado en 1864 después del Levantamiento de Enero . El antiguo hospital fue demolido en 1880. En 1921 la iglesia fue asignada a la Congregación de los Padres Marianos y se construyó un monasterio en las cercanías. En 1920 la iglesia fue embadurnada. En 1992 se llevó a cabo una compleja renovación de la iglesia y el monasterio. Desde 1991 la misa se celebra nuevamente en la iglesia y el monasterio de los Marianitas ha sido devuelto a los monjes.
