Christian Günther II, conde de Schwarzburg-Sondershausen-Arnstadt (1 de abril de 1616 - 10 de septiembre de 1666) fue conde de Schwarzburg-Sondershausen. Desde 1642 hasta su muerte gobernó una parte del condado alrededor de su residencia en Arnstadt .
El conde Christian Günther II era hijo del conde Christian Günther I de Schwarzburg-Sondershausen (1578-1642) y de su esposa, la condesa Anna Sibille (1584-1623), hija del conde Alberto VII de Schwarzburg-Rudolstadt.
Después de la muerte de su padre, los hermanos se dividieron el condado entre ellos y Christian Günther II recibió todo el Alto Schwarzburg-Sondershausen con su residencia de Arnstadt .
En 1645, Christian Günther II se casó desde 1645 con Sofía Dorotea (fallecida en 1685), hija del conde Jorge de Mörsperg y Beffort, y tuvieron los siguientes hijos: