La masacre de la Iglesia de Suai ocurrió el 6 de septiembre de 1999, en Suai , distrito de Cova Lima , en el suroeste de Timor Oriental , dos días después de que se anunciaran los resultados del referéndum de independencia .
Según el informe de la Comisión Internacional de Investigación sobre Timor Oriental al Secretario General de las Naciones Unidas , varios cientos de personas buscaron refugio en la iglesia Ave Maria ante los ataques de la milicia pro- indonesia Laksaur en la ciudad. Luego, la milicia, con el apoyo del ejército de Indonesia , mató a unas 200 personas. Se identificaron veintiséis cadáveres que habían sido enterrados al otro lado de la frontera, en Timor Occidental , pero testigos oculares afirman que muchos más fueron asesinados.
Cinco funcionarios indonesios —el teniente coronel Liliek Kusardiyanto, el capitán Ahmad Syamsudin, el teniente Sugito, el coronel de policía Gatot Subiaktoro y el jefe de distrito Herman Sedyono— fueron juzgados en Indonesia por estos crímenes, pero fueron absueltos. La ONU los nombró a ellos y a otros once hombres en una acusación formal presentada por la Unidad de Delitos Graves de la ONU en Dili , acusándolos de 27 cargos de crímenes contra la humanidad, incluidos asesinato, exterminio, desaparición forzada , tortura y deportación.