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Canales de iones sintéticos

Comparación del tamaño del dímero postulado de los medios canales de ciclodextrina (canal de iones sintéticos, izquierda) y hemolisina (un poro natural, derecha)

Los canales iónicos sintéticos son compuestos químicos de novo que se insertan en bicapas lipídicas , forman poros y permiten que los iones fluyan de un lado a otro. [1] Son análogos artificiales de los canales iónicos naturales y, por lo tanto, también se les conoce como canales iónicos artificiales . En comparación con los canales biológicos, normalmente permiten flujos de magnitud similar, pero son

  1. de tamaño minúsculo (menos de 5.000 Dalton frente a > 100.000 Dalton),
  2. diversos en arquitectura molecular, y
  3. puede depender de diversas interacciones supramoleculares para preformar las estructuras conductoras activas. [2] [3] [4] [5]

Los canales sintéticos, al igual que los canales naturales, generalmente se caracterizan por una combinación de técnicas de una sola molécula (por ejemplo, fijación de voltaje de bicapas planas [1] ) y técnicas de conjunto (flujo en vesículas [6] ). El estudio de los canales iónicos sintéticos puede conducir potencialmente a nuevas tecnologías de detección de moléculas individuales, así como a nuevas terapias.

Historia

Estructura química y mecanismo de formación de canales esperado para el primer intento de preparar un canal iónico sintético [7]

Si bien desde la década de 1970 se habían preparado canales iónicos semisintéticos, a menudo basados ​​en canales peptídicos modificados como la gramicidina , el primer intento de preparar un canal iónico sintético se realizó en 1982 utilizando una β- ciclodextrina sustituida . [7]

Inspirada en la gramicidina, esta molécula fue diseñada para ser una entidad en forma de barril que abarca una única valva de una membrana bicapa , volviéndose "activa" sólo cuando dos moléculas en valvas opuestas se unen de un extremo a otro. Si bien el compuesto induce flujos de iones en las vesículas, los datos no muestran de manera inequívoca la formación de canales (a diferencia de otros mecanismos de transporte; ver Mecanismo).

El transporte de Na + por dichos canales fue informado por primera vez por dos grupos de investigadores en 1989-1990. [8] [9] [10]

Con la adopción de la técnica de fijación de voltaje en la investigación de canales sintéticos a principios de la década de 1990, los investigadores pudieron observar actividades eléctricas cuantificadas de moléculas sintéticas, a menudo consideradas la evidencia distintiva de los canales iónicos. [1] Esto condujo a un aumento sostenido de la actividad investigadora durante las siguientes dos décadas. En 2009, se publicaron más de 25 artículos revisados ​​por pares sobre el tema [11] y se encuentra disponible una serie de revisiones exhaustivas. [3] [4] [5]

Caracterización y mecanismos.

Mecanismos de transporte: (L) canal, (M) ionóforo/portador y (R) detergente

El transporte pasivo de iones a través de una membrana puede tener lugar mediante tres mecanismos principales: por transporte, a través de defectos en una membrana rota o a través de una trayectoria definida; estos corresponden a transportadores de ionóforos , detergentes y canales iónicos . Si bien la investigación de canales de iones sintéticos intenta preparar compuestos que muestren conductancia a través de un camino definido, la elucidación del mecanismo es difícil y rara vez inequívoca. Los dos métodos principales de caracterización tienen sus inconvenientes y, como consecuencia, a menudo se define la función pero se presupone el mecanismo.

Conjunto, curso temporal basado en vesículas.

Ensayo basado en vesículas para canales iónicos. El transportador de iones induce un cambio de todo o nada a nivel de la vesícula individual, que culmina en un curso temporal macroscópico que depende de la actividad y la concentración del transportador.

Una línea de evidencia sobre el transporte de iones proviene del examen macroscópico de conjuntos estadísticos . Todas estas técnicas utilizan vesículas intactas con un volumen atrapado, con actividades de canales iónicos informadas mediante diferentes métodos espectroscópicos . [6]

En un caso típico, un tinte queda atrapado dentro de la población de vesículas. Este tinte se selecciona para que responda colorimétrica o fluorométricamente a la presencia de un ion; Este ion suele estar ausente en el interior de la vesícula pero presente en el exterior. Sin un transportador de iones, la bicapa lipídica actúa como barrera cinética para bloquear el flujo de iones y el tinte permanece "oscuro" indefinidamente.

Como un transportador de iones permite que los iones del exterior se difundan hacia adentro, su adición afectará la propiedad de color/fluorescencia del tinte. Al monitorear macroscópicamente las propiedades del tinte a lo largo del tiempo y controlar los factores externos, se puede medir la capacidad de un compuesto para actuar como transportador de iones.

Sin embargo, la observación del transporte de iones no determina que el canal iónico sea el mecanismo. Cualquier clase de transportador puede llevar a la misma observación y normalmente se requieren pruebas adicionales que lo corroboren. Durante las últimas dos décadas se han desarrollado y resumido recientemente experimentos sofisticados destinados a sondear la selectividad, la activación y otros parámetros del canal. [6]

Variaciones del ensayo de vesículas.

Trazas de corriente estocásticas y planas basadas en bicapa

Experimento de fijación de voltaje en bicapas planas. (A) En ausencia de un canal iónico, la bicapa es una resistencia que no tiene flujo de corriente incluso cuando se aplica un potencial. (B) En presencia de una única molécula de canal iónico ideal, aparece un aumento uniforme (cuya altura corresponde a las dimensiones del poro). (C) En teoría, diferentes clases de mecanismos de transporte dan lugar a perfiles diferentes.

Una alternativa al método basado en conjuntos descrito anteriormente es el experimento de fijación de voltaje. [16] En un experimento de fijación de voltaje , dos compartimentos de electrolito se dividen por una abertura, generalmente de entre 5 y 250 micrómetros de diámetro. Se pinta una bicapa lipídica a través de esta abertura, separando así eléctricamente los compartimentos; La naturaleza molecular se puede determinar midiendo su capacitancia .

Tras la adición de un canal iónico (ideal), se forma un camino definido entre los dos compartimentos. A través de este poro, los iones fluyen rápidamente a favor del gradiente electroquímico y de potencial (>10 6 /segundo), el flujo máximo está limitado por la geometría y las dimensiones del poro. En algún instante posterior, el poro puede cerrarse o colapsarse, tras lo cual la corriente vuelve a cero. Esta corriente de estado abierto, que se origina y amplifica a partir de un evento de una sola molécula, suele ser del orden de pA a nA , con una resolución temporal de aprox. milisegundo. Los eventos ideales o cercanos a lo ideal se denominan " cimas cuadradas " en la literatura y se han considerado como una firma de un mecanismo basado en canales.

Es de destacar que los eventos observados a esta escala son verdaderamente estocásticos , es decir, son el resultado de colisiones moleculares aleatorias y cambios de conformación. Como el área de la membrana es mucho más grande que la de un poro, múltiples copias pueden abrirse y cerrarse independientemente una de otra, dando lugar a la apariencia de escalera (Panel C en la figura); Estos eventos ideales a menudo se modelan como procesos de Markov .

Utilizando la notación de cuadrícula de actividad , [17] se han revisado críticamente los canales de iones sintéticos estudiados con el método de fijación de voltaje durante el período 1982-2010. [18] Si bien las trazas ideales se analizan y reportan con mayor frecuencia en la literatura, muchos registros son decididamente no ideales, y se demostró que un subconjunto es fractal. [19] Desarrollar métodos para analizar estas trazas no ideales y aclarar su relación con el mecanismo de transporte es un área de investigación contemporánea.

Ejemplos

Se ha informado que un gran y diverso conjunto de moléculas sintéticas actúan como transportadores de iones en las membranas lipídicas. Aquí se describe una selección para demostrar la amplitud de estructuras factibles y funciones alcanzables . Se encuentran disponibles revisiones completas de la literatura hasta 2010 en una serie tripartita. [3] [4] [5]

Por estructura química

La mayoría de los canales sintéticos (pero no todos; ver canales minimalistas) tienen estructuras químicas sustancialmente más grandes que las moléculas pequeñas típicas (pesos moleculares ~1-5kDa). Esto se origina en la necesidad de ser anfifílico , es decir, tener suficientes porciones hidrófobas para permitir la partición en una bicapa lipídica, así como "grupos de cabeza" polares o cargados para afirmar una orientación y geometría definidas con respecto a la membrana.

Basado en macrociclos

A base de éteres de corona
Canal postulado que atraviesa la membrana con éter de corona en el núcleo
Estructura del éter de corona
A base de calixareno

Se han informado canales iónicos que contienen calixarenos de tamaño de anillo 3 y 4. Para el calix[4]areno, hay dos conformaciones accesibles y se han desarrollado ejemplos de conformación 1,3-alt y de cono .

A base de ciclodextrina
Ciclodextrina "medios canales". [17] [19] Arriba : mecanismo postulado "similar a la gramicidina". Abajo : estructuras químicas de estos conjugados de ciclodextrina.

El primer canal iónico sintético se construyó mediante sustitución parcial en el borde primario de β- ciclodextrina . [7] Desde entonces se han informado otras β-ciclodextrinas sustituidas, incluidas ciclodextrinas modificadas con tiol, [20] un canal de oligobutileno selectivo aniónico, [21] y varios oligómeros starburst unidos a óxido de polietileno. [22] Recientemente se han informado relaciones estructura-actividad para un gran conjunto de "medios canales" de ciclodextrina preparados mediante química de "clic" . [17]

Varillas rígidas

A base de péptidos

Macrociclos peptídicos [23]

Se sabe que los macrociclos de péptidos D/L alternos se autoagregan en nanotubos, y se ha demostrado que los nanotubos resultantes actúan como canales iónicos en las membranas lipídicas. [23]

Otras arquitecturas utilizan hélices peptídicas como armazón para unir otras funcionalidades, como éteres corona de diferentes tamaños. La propiedad de estos canales de corona de péptidos depende en gran medida de la identidad de los grupos terminales de protección.

Canales minimalistas

Misceláneas

Canales basados ​​en cuarteto G
Canales metal-orgánicos

Biocanales híbridos

Se construyeron canales biohíbridos semisintéticos construidos mediante modificaciones de canales iónicos naturales. Aprovechando la química orgánica sintética moderna , estos permiten identificar modificaciones de estructuras existentes para dilucidar sus mecanismos de transporte o injertar nuevas funcionalidades.

La gramicidina y la alameticina habían sido puntos de partida populares para modificaciones selectivas. [24] El diagrama anterior ilustra un ejemplo, donde se fijó una corona de éter a través de la boca del portal de paso de iones. [25] Este canal muestra conductancia discreta pero selectividad iónica diferente a la de la gramicidina de tipo natural en experimentos de fijación de voltaje.

Si bien la modificación de grandes canales proteicos mediante mutagénesis generalmente se considera fuera del alcance de los canales sintéticos , la demarcación no es clara, como lo demuestra el enlace supramolecular o covalente de las ciclodextrinas a la alfa-hemolisina. [26]

Por características de transporte.

Un canal iónico se puede caracterizar por sus características de apertura , selectividad iónica y control del flujo (compuerta). Muchos canales iónicos sintéticos muestran propiedades únicas en uno o más de estos aspectos.

Características de apertura

Muestra de registros de conductancia-tiempo formados por canales iónicos sintéticos en experimentos de bicapa plana [17]

Una molécula "formadora de canales iónicos" a menudo puede mostrar múltiples tipos de actividades de conductancia en membranas bicapa planas. Cada uno de estos modos de acción se puede caracterizar por sus

Estos eventos no son necesariamente uniformes a lo largo de su duración y, como resultado, son posibles una variedad de formas de trazas conductoras.

Selectividad iónica

La mayoría de los canales iónicos sintéticos siguen una secuencia de Eisenman I (Cs + > Rb + > K + > Na + >> Li + ) [27] en su selectividad por cationes de metales alcalinos , [4] [18], lo que sugiere que el origen de la selectividad se rige por la diferencia de energía requerida para eliminar agua de un catión completamente hidratado. Unos pocos canales sintéticos muestran otros patrones de selectividad iónica, [25] y sólo un caso en el que un canal sintético que sigue la secuencia de selectividad opuesta (Eisenman XI; Cs + < Rb + < K + < Na + << Li + ) tuvo sido reportado. [28]

puerta

Respuesta de voltaje
Modos de respuesta de voltaje en canales de iones sintéticos. A : dependencia del potencial lineal (óhmica). B : rectificador. C : dependencia potencial exponencial

La mayoría de los canales sintéticos tienen conductancia óhmica , es decir, la corriente que pasa (tanto individualmente como en conjunto) es proporcional al potencial a través de la membrana. Sin embargo, algunos canales raros muestran características de corriente-voltaje que no son lineales. En concreto, se conocen dos tipos distintos de conductancia no óhmica:

  1. un comportamiento rectificador , donde los pasos de corriente dependen del signo del potencial aplicado, y
  2. una dependencia potencial exponencial , donde la corriente que pasa aumenta exponencialmente con el potencial aplicado.

Lo primero requiere asimetría con respecto al plano medio de la bicapa lipídica y, a menudo, se logra introduciendo un dipolo molecular general. [29] [30] [31] Este último, demostrado en canales naturales como la alameticina , rara vez se encuentra en canales iónicos sintéticos. Pueden estar relacionados con canales iónicos lipídicos, pero hasta la fecha su mecanismo sigue siendo difícil de alcanzar.

Respuesta del ligando

Ciertos canales iónicos sintéticos tienen conductancias que pueden modularse mediante sustancias químicas externas adicionales. Se conocen tanto la modulación ascendente (los canales se activan mediante ligandos) como la modulación descendente (los canales se desactivan mediante ligandos): diferentes mecanismos, incluida la formación de agregados supramoleculares, [32] [33] así como inter e intramoleculares [ 34] bloqueo.

Otros

Se conocen elementos reguladores que responden a otras señales; los ejemplos incluyen conductancias fotomoduladas [35] [36] [37] así como "interruptores térmicos" construidos mediante isomerización del grupo carbamato . [38] Hasta la fecha, no se han informado canales de iones sintéticos mecanosensibles.

Ver también

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