El torneo de fútbol masculino de la División I de la NCAA de 2006 fue un torneo de 48 equipos de la División I de la NCAA que jugaron por el Campeonato de la NCAA en fútbol . La Final Four de la Copa Universitaria se llevó a cabo en el Estadio Hermann en St. Louis, Missouri . Todos los demás partidos se jugaron en el campo local del equipo mejor clasificado. La final se celebró el 3 de diciembre de 2006. UC Santa Barbara , UCLA , Virginia y Wake Forest llegaron a la Final Four. UC Santa Barbara venció a Wake Forest y UCLA derrotó a Virginia. En la final, UC Santa Barbara ganó el partido por el título superando a UCLA, 2-1.
El torneo comenzó el 10 de noviembre de 2006. La primera ronda se jugó el 10 y 11 de noviembre. La segunda ronda el 15 y la tercera ronda el 18 y 19. Las finales regionales se jugaron del 24 al 26 de noviembre.