El Campeonato Europeo Sub-16 de la UEFA de 1999 fue la 17.ª edición del Campeonato Europeo Sub-16 de Fútbol de la UEFA . La República Checa fue la anfitriona del campeonato, del 24 de abril al 7 de mayo de 1999. Los jugadores nacidos a partir del 1 de enero de 1982 eran elegibles para participar en esta competición. Participaron 16 equipos y España derrotó a Polonia en la final para ganar la competición por quinta vez.