El Campeonato Brasileiro Série C de 2006 , la tercera división de la Liga brasileña, fue disputado por 63 clubes, cuatro de los cuales finalmente clasificaron a la segunda división que se disputará en 2007. Ningún equipo descendió, ya que no había cuarta división en la liga brasileña.
Los 63 equipos juegan en 15 grupos de cuatro y un grupo de tres equipos (porque la Federación de Fútbol de Acre no designó un equipo afiliado). Dentro de cada grupo, los cuatro equipos juegan a doble vuelta, es decir, se enfrentan entre sí en partidos de ida y vuelta, en un total de seis jornadas. Los dos equipos mejor clasificados de cada grupo se clasifican para la Segunda Fase.
Los 32 equipos clasificados en la Primera Fase juegan en ocho grupos de cuatro. Dentro de cada grupo, los cuatro equipos juegan a doble vuelta, es decir, se enfrentan entre sí en partidos de ida y vuelta, en un total de seis jornadas. Los dos equipos mejor clasificados de cada grupo se clasifican para la Tercera Fase.
Los 16 equipos clasificados de la segunda fase jugarán en cuatro grupos de cuatro. En cada grupo, los cuatro equipos jugarán a doble vuelta, es decir, se enfrentarán entre sí en partidos de ida y vuelta, durante un total de seis jornadas. Los dos equipos mejor clasificados de cada grupo clasificarán a la fase final.
Los ocho equipos clasificados en la tercera fase se agrupan en un único grupo. Juegan todos contra todos, en un sistema de doble vuelta, es decir, se enfrentan entre sí en partidos de ida y vuelta, durante un total de catorce jornadas. Los cuatro equipos mejor clasificados ascienden automáticamente a la Série B en 2007.
Los equipos participantes están ordenados por estado: