El Campeonato Brasileiro Série A de 1999 fue la 43ª edición del Campeonato Brasileiro Série A.
Lo disputaron 22 equipos y el Corinthians ganó el campeonato.
El criterio de descenso a la Série B en 1999 fue la media de puntos obtenidos en 1999 y 1998. Los cuatro equipos con medias más bajas descenderían. La fórmula definida por CBF para el promedio puntual (PA) fue:
AP = ( (P98/23) + (P99/21) ) / 2
Siendo P98 el número de puntos en 1998 y P99 el número de puntos en 1999.
En cuanto a Gama y Botafogo-SP, que ascendieron de la Serie B y como tales, no disputaron la Serie A de 1998, la fórmula se redujo a:
AP = P99/21
Originalmente, los seis peores promedios de puntos eran:
Lo que significaría que Botafogo, Paraná, Juventude y Botafogo-SP descenderían. Sin embargo, los partidos de São Paulo contra Internacional y Botafogo fueron anulados y los puntos obtenidos por São Paulo en ambos partidos (tres contra Botafogo, uno contra Internacional) fueron entregados a ambos clubes, debido a la alineación del jugador no elegible Sandro Hiroshi en ambos. partidos. Entonces, los seis peores promedios de puntos quedaron:
Esto significó que Botafogo escapó del descenso y Gama se unió a Botafogo/SP , Juventude y Paraná en la Serie B en 2000.
Gama no aceptó esta decisión y apeló. Las disputas judiciales duraron meses y a la CBF se le impidió organizar el Campeonato Brasileiro de 2000. El Clube dos 13 asumió la organización del campeonato, que recibió el nombre de Copa João Havelange , con la participación de 116 equipos divididos en 3 grupos.