El Partido Comunista de la India (Marxista-Leninista) Bandera Roja (CPI (ML) Bandera Roja) se formó en 1988 como una escisión del Comité de Reorganización Central, CPI (ML).
La principal base de apoyo del partido estaba en Kerala , donde surgió como la principal facción del ML. También se expandió a otros estados, incluidos Karnataka , Madhya Pradesh , Maharashtra , Chhattisgarh , Bengala Occidental y Odisha .
En 2003, una gran parte del partido en Kerala , incluida la mayoría del Comité Estatal de Kerala, se separó y creó un partido paralelo, el CPI (ML) Red Flag . La escisión fue liderada por el secretario estatal del partido en Kerala, PC Unnichekkan . Este partido sigue utilizando el nombre CPI (ML) Red Flag y apoya al Frente Democrático de Izquierda en Kerala.
Antes de las elecciones de la Lok Sabha de 2004, el CPI (ML) Red Flag y el CPI (ML) tomaron la iniciativa de formar un frente unido de comunistas revolucionarios. En ese frente lograron reunir a más del CPI (ML) y el CPI (ML) Red Flag, el Centro de Revolucionarios Comunistas ( Bengala Occidental ), el Partido Lal Nishan (Leninvadi) , el Partido Comunista Marxista de la India , el Comité Marxista-Leninista, el Nuevo Movimiento Socialista de Gujarat , el Comité Central Provisional, el Partido Comunista de la India (Marxista-Leninista) y Bhagat Singh Vichar Manch.
En Kerala se formó un Frente de Izquierdas antes de las elecciones junto con BTR-EMS-AKG Janakeeya Samskarika Vedi de VB Cheriyan.
El Partido Comunista de la India (Marxista-Leninista) del Partido Comunista de la India (ML) se fusionó con el Partido Kanu Sanyal en una conferencia de unidad en Vijayawada en enero de 2005.