CLC bio era una empresa de software bioinformático que desarrolló un paquete de software que posteriormente fue adquirido por QIAGEN .
CLC bio inició sus actividades comerciales el 1 de enero de 2005, con sede en Aarhus , Dinamarca . El desarrollo de su producto también se financió en parte mediante la colaboración con investigadores en proyectos financiados con subvenciones. [1] [2] Para 2012, tenía oficinas adicionales en Cambridge, Massachusetts , Tokio , Taipei y Delhi , con personal en su mayoría con antecedentes de investigación (el 30% tenía un doctorado) [3] y había creado una base de usuarios de alrededor de 250.000 usuarios tanto en instituciones académicas como en empresas de biotecnología. [4] [5]
CLC bio fue adquirida por QIAGEN en 2013 y se fusionó con su división de investigación y desarrollo de bioinformática con varias otras plataformas adquiridas en 2014. [6] [7] [8]
Las principales actividades de CLC bio fueron el desarrollo de software para computadoras de escritorio ( Mac OS X , Windows y Linux ), empresas y software en la nube para el análisis de datos biológicos . CLC bio desarrolló algunos de sus propios algoritmos de código abierto , así como sus propias implementaciones aceleradas por SIMD de varias aplicaciones populares existentes. En 2010, CLC bio se destacó como la primera plataforma comercial para el análisis bioinformático que utilizó una interfaz gráfica de usuario para construir, administrar e implementar flujos de trabajo de análisis, así como herramientas de línea de comandos , una API SOAP y REST y, más tarde, la capacidad de ejecutar herramientas en contenedores. [9]
A medida que se agregaron capacidades adicionales a la plataforma de software, finalmente se dividió en varios bancos de trabajo temáticos y complementos con colecciones de características relevantes para diferentes aplicaciones (por ejemplo, análisis de vías , genómica y otras ciencias ómicas ). Las características incluyen mapeo de lectura y ensamblaje de novo de datos de secuenciación de alto rendimiento , detección de SNP y variaciones estructurales en todo el genoma , ChIP-seq , RNA-Seq , análisis de ARN pequeño , finalización del genoma, genómica microbiana, biología estructural y funciones para analizar, visualizar y comparar datos genómicos , transcriptómicos y epigenómicos .
En 2017, CLC bio lanzó su CLC Genomics Cloud Engine [7] como una plataforma impulsada por línea de comandos para la ejecución de flujos de trabajo de bioinformática basados en la nube en Amazon Web Services. En 2019, esta plataforma se adaptó y se aprobó para su uso en AWS GovCloud. En 2020, CLC bio lanzó un complemento gratuito que permite la ejecución de flujos de trabajo en AWS directamente desde el software de escritorio CLC Genomics Workbench. [ cita requerida ]
En sus inicios, la empresa presentó soluciones informáticas de alto rendimiento de desarrollo propio , centrándose en la aceleración de algoritmos de código abierto como HMMER , Smith-Waterman y ClustalW , utilizando tecnología FPGA . Sin embargo, estos productos ya no están en desarrollo.