BioRuby es una colección de código Ruby de código abierto que comprende clases para biología molecular computacional y bioinformática . Contiene clases para análisis de secuencias de ADN y proteínas , alineamiento de secuencias , análisis de bases de datos biológicas, biología estructural y otras tareas de bioinformática. [1] BioRuby se publica bajo la licencia GNU GPL versión 2 o licencia Ruby [2] y es uno de los varios proyectos Bio*, diseñados para reducir la duplicación de código. [3]
En 2011, el proyecto BioRuby introdujo el sistema de complementos de software Biogem, [4] con dos o tres complementos nuevos agregados cada mes.
BioRuby se administra a través del sitio web de BioRuby y el repositorio de GitHub . [5] [6]
El proyecto BioRuby fue iniciado en 2000 por Toshiaki Katayama como una implementación en Ruby de paquetes bioinformáticos similares como BioPerl y BioPython . La versión inicial 0.1 fue actualizada frecuentemente por los colaboradores tanto de manera informal como en eventos organizados como "hackatones"; en junio de 2005, BioRuby fue financiado por IPA como un proyecto de software exploratorio, [7] que culminó con el lanzamiento de la versión 1.0.0 en febrero de 2006. [8] Entre 2009 y 2012, BioRuby fue el foco de atención de varios proyectos de Google Summer of Code para mejorar la base de código. [9] La versión 2.0.0 de BioRuby se lanzó en 2019. [6]
Biogem ofrece un conjunto de herramientas para bioinformáticos que desean codificar una aplicación o biblioteca que utilice o amplíe la biblioteca central de BioRuby, así como compartir el código como una gema en rubygems.org. [10] Cualquier gema publicada a través del marco Biogem también aparece en biogems.info. [11]
El objetivo de Biogem es promover un enfoque modular para el paquete BioRuby y simplificar la creación de módulos automatizando el proceso de configuración de directorios y archivos, un repositorio git y la publicación de bases de datos de paquetes en línea. [12]