El equipo de baloncesto masculino de los Baylor Bears 2008-09 representó a la Universidad de Baylor en la temporada 2008-09 de baloncesto masculino de la División I de la NCAA . El entrenador principal del equipo fue Scott Drew , quien cumplió su sexto año. Baylor jugó sus partidos de local en el Ferrell Center en Waco, Texas . El equipo terminó la temporada como subcampeón en el Torneo Nacional de Invitación (NIT), perdiendo ante Penn State en el juego del campeonato. [2]