La base de datos y recurso de análisis de virus y patógenos (ViPR) [1] [2] [3] es una base de datos y recurso de análisis integradores y completos, de acceso público, para buscar, analizar, visualizar, guardar y compartir datos de patógenos virales en las listas de patógenos prioritarios de categoría AC del Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas (NIAID) de EE. UU. para la investigación de biodefensa, y otros patógenos virales que causan enfermedades infecciosas emergentes/reemergentes. ViPR es uno de los cinco Centros de recursos bioinformáticos (BRC) financiados por el NIAID , un componente de los Institutos Nacionales de Salud (NIH), que es una agencia del Departamento de Salud y Servicios Humanos de los Estados Unidos .
Familias de virus cubiertas en ViPR
La base de datos ViPR incluye genomas de estas familias virales: Arenaviridae , Bunyaviridae , Caliciviridae , Coronaviridae , Filoviridae , Flaviviridae , Hepeviridae , Herpesviridae , Paramyxoviridae , Picornaviridae , Poxviridae , Reoviridae , Rhabdoviridae y Togaviridae .
Tipos de datos en ViPR
Herramientas de análisis y visualización en ViPR
- BLAST: proporciona una variedad de bases de datos ViPR personalizadas para identificar las secuencias más relacionadas
- Búsqueda corta de péptidos: permite a los usuarios encontrar cualquier secuencia de péptidos mediante coincidencia exacta, difusa o de patrones.
- Análisis de variación de secuencia (SNP [polimorfismo de un solo nucleótido]): calcula la variación de secuencia existente en las secuencias especificadas
- Herramienta de análisis comparativo de secuencias basada en metadatos (Meta-CATS): un análisis estadístico comparativo automatizado para identificar posiciones a lo largo de una alineación de secuencias múltiples que difieren significativamente entre grupos de secuencias que poseen características fenotípicas específicas
- Alineación de secuencias múltiples: alinea genomas pequeños, secuencias de genes/proteínas o secuencias de genomas virales grandes utilizando uno de varios algoritmos que mejor se adapten al envío de trabajo específico.
- Visualización de alineación de secuencias: utiliza JalView para la visualización de alineación de secuencias
- Generación de árboles filogenéticos: calcula un árbol utilizando uno de varios algoritmos y modelos evolutivos disponibles
- Visualización del árbol filogenético: permite la visualización codificada por colores de los metadatos de las cepas en un árbol utilizando el visor Archaeopteryx
- GBrowse: proporciona la capacidad de exploración del genoma para genomas virales de ADN grandes (Herpesviridae y Poxviridae) con integración de características de secuencia ViPR para el virus Vaccinia
- Análisis de tipo de variante de característica de secuencia (SFVT): [4] proporciona un repositorio centralizado de regiones funcionales y calcula automáticamente toda la variación de secuencia observada dentro de cada región definida
- Visualización de la estructura de proteínas en 3D: integra archivos de estructura de proteínas PDB con características de secuencia ViPR cuando corresponde y proporciona un visualizador de estructura de proteínas en 3D interactivo utilizando Jmol
- Anotador del genoma (GATU): permite a los usuarios anotar nuevas secuencias del genoma proporcionadas por el usuario.
- Determinación de genotipos y detección de recombinación: predice el genotipo de las secuencias proporcionadas por el usuario e identifica posibles sitios de recombinación para los virus de la familia Flaviviridae
- Diseño de cebadores de PCR: permite al usuario predecir automáticamente los cebadores ideales en función de una secuencia y parámetros específicos
- ReadSeq: convierte entre varios formatos de secuencia
- Herramienta de envío de características de secuencia: permite a los usuarios definir una característica de secuencia completando un formulario web
- Herramientas de análisis externo: muestra una lista y una descripción de herramientas de terceros para análisis más especializados
- Banco de trabajo personal para guardar y compartir datos y análisis
Referencias
- ^ Base de datos y recursos de análisis de virus y patógenos (ViPR)
- ^ Pickett, Brett E.; Sadat, Eva L.; Zhang, Yun; Noronha, Jyothi M.; Squires, R. Burke; Hunt, Victoria; Liu, Mengya; Kumar, Sanjeev; Zaremba, Sam; Gu, Zhiping; Zhou, Liwei; Larson, Christopher N.; Dietrich, Jonathan; Klem, Edward B.; Scheuermann, Richard H. (2012). "ViPR: una base de datos de bioinformática abierta y un recurso de análisis para la investigación virológica". Nucleic Acids Research . 40 (número de base de datos): D593–D598. doi :10.1093/nar/gkr859. PMC 3245011 . PMID 22006842.
- ^ Pickett, Brett; Greer, Douglas; Zhang, Yun; Stewart, Lucy; Zhou, Liwei; Sun, Guangyu; Gu, Zhiping; Kumar, Sanjeev; Zaremba, Sam; Larsen, Christopher; Jen, Wei; Klem, Edward; Scheuermann, Richard (2012). "Base de datos y recurso de análisis de virus y patógenos (ViPR): una base de datos bioinformática integral y un recurso de análisis para la comunidad de investigación sobre coronavirus". Viruses . 4 (11): 3209–3226. doi : 10.3390/v4113209 . PMC 3509690 . PMID 23202522.
- ^ ab Noronha, Jyothi M.; Liu, Mengya; Escuderos, R. Burke; Pickett, Brett E.; Hale, Benjamín G.; Aire, Gillian M.; Galloway, verano E.; Takimoto, Toru; Schmolke, Mirco; cazar, Victoria; Klem, Eduardo; García-Sastre, Adolfo; McGee, Monnie; Scheuermann, Richard H. (2012). "Análisis del tipo de variante de característica de secuencia del virus de la influenza: evidencia de un papel de NS1 en la restricción del rango de huéspedes del virus de la influenza". Revista de Virología . 86 (10): 5857–5866. doi :10.1128/JVI.06901-11. PMC 3347290 . PMID 22398283.
Enlaces externos
- ViPR BRC
- Centros de recursos de bioinformática La página del NIAID que describe los objetivos y actividades de los BRC
