La base de datos del genoma de Saccharomyces ( SGD ) es una base de datos científica de la biología molecular y la genética de la levadura Saccharomyces cerevisiae , que comúnmente se conoce como levadura de panadería o levadura en ciernes. [1] Puede encontrar más información en el repositorio seleccionado de Yeastract . [2]
El SGD proporciona acceso a Internet a la secuencia completa del ADN genómico de Saccharomyces cerevisiae , sus genes y sus productos, los fenotipos de sus mutantes y la literatura que respalda estos datos. En el informe de la literatura revisada por pares, los resultados del experimento sobre la función y la interacción de los genes de la levadura se extraen mediante curación manual de alta calidad y se integran en una base de datos bien desarrollada. Los datos se combinan con resultados de calidad de alto rendimiento y se publican en las páginas de resumen de Locus, que es un potente motor de consultas y un explorador de genoma enriquecido. Debido a la complejidad de la recopilación de información, se utilizan múltiples herramientas bioinformáticas para integrar información y permitir el descubrimiento productivo de nuevos detalles biológicos. [3] El recurso SGD proporciona el estándar de oro para la descripción funcional de la levadura en ciernes. El recurso SGD también proporciona una plataforma desde la cual investigar genes y vías relacionados en organismos superiores. La cantidad de información y el número de características proporcionadas por SGD han aumentado considerablemente tras la publicación de la secuencia genómica de S. cerevisiae . SGD ayuda a los investigadores proporcionándoles no sólo información básica, sino también herramientas como la búsqueda de similitudes de secuencias que conducen a información detallada sobre las características del genoma y las relaciones entre genes. SGD presenta información utilizando una variedad de presentaciones gráficas fáciles de usar, creadas dinámicamente, que ilustran mapas de características físicas, genéticas y de secuencia. Todos los datos contenidos en SGD son de libre acceso para investigadores y educadores de todo el mundo a través de páginas web diseñadas para una óptima facilidad de uso. [3]
Biocurator incluye la revisión de la literatura publicada o conjuntos de datos, lo que lleva a la identificación y abstracción de resultados clave. Luego, el resultado se incorpora a la base de datos y se utilizan vocabularios controlados para asociarlos con genes o regiones cromosómicas apropiadas. A medida que se registran más datos, la biocuración se vuelve más importante para la investigación biomédica.
"SGD mantiene la secuencia del genoma de referencia para la levadura en ciernes S.cerevisiae" . Los SGD son la fuente de la secuencia del genoma de la cepa S288C de S. cerevisiae , incluye un catálogo de genes y características cromosómicas del genoma.
Una de las funciones importantes de SGD es la biocuración de la literatura sobre levaduras. Los biocuradores del SGD buscan toda la literatura científica relevante para S. cerevisiae , leen los artículos y capturan sus principales hallazgos en varios campos definidos de la base de datos. [3]
Los biocuradores de SGD tienen como objetivo anotar cada gen identificando funciones de la literatura primaria y vinculando términos utilizando la representación estructurada del conocimiento en la ontología genética . [4] Además, las funciones identificadas a partir de experimentos de alto rendimiento, así como las anotaciones de funciones predichas computacionalmente, se incluyen en el proyecto GO Annotation. [5]
SGD selecciona manualmente las vías bioquímicas y las proporciona mediante la versión 15.0 del navegador Pathway Tools (13). El conjunto de datos de rutas bioquímicas SGD para S. cerevisiae, uno de los conjuntos de datos mejor seleccionados entre todos los conjuntos de datos de Pathway Tools disponibles, es el estándar de oro para la levadura en ciernes; SGD apoya un esfuerzo continuo para actualizar y mejorar estos datos. La interfaz Pathway Tools proporciona una descripción completa de cada vía, con estructuras moleculares, números EC y una lista de referencias completa. El navegador de rutas actualizado proporciona varias funciones mejoradas, incluida la descarga de una lista de genes encontrados en una ruta para su posterior análisis con otras herramientas disponibles en SGD. El navegador de rutas tiene un hipervínculo a través de la sección "Rutas" de la página Resumen del lugar. La visualización de Pathway está disponible en http://pathway.yeastgenome.org. [3]
SGD continúa manteniendo la nomenclatura genómica de S. cerevisiae . El trabajo es promover los estándares de nomenclatura definidos por la comunidad y garantizar que se sigan las pautas acordadas al nombrar nuevos genes o asignar nuevos nombres a genes previamente identificados. Las directrices comunitarias establecen que el primer nombre publicado de un gen se convierte en el nombre estándar. Sin embargo, antes de su publicación, el nombre de un gen puede registrarse y mostrarse en SGD para notificar a la comunidad su uso previsto. Si hay desacuerdos o conflictos de nombres, nos comunicamos con los investigadores relevantes dentro de la comunidad y negociamos un acuerdo siempre que sea posible. La mayoría de quienes trabajan en el gen en cuestión deben aceptar cualquier cambio de nomenclatura antes de que se implemente en SGD. Además de mantener los nombres genéticos, el SGD garantiza que los nombres de los ORF, los elementos ARS, los ARNt y otras características cromosómicas también se ajusten a los formatos acordados. En los últimos dos años se han asignado 154 nuevos nombres de genes y se han procesado 21 cambios de nombres iniciados por la comunidad. [3]
Hay varias herramientas de análisis diferentes proporcionadas por SGD.
BLAST , herramienta básica de búsqueda de alineación local , el programa está diseñado para encontrar regiones similares entre secuencias biológicas . SGD permite a los usuarios ejecutar búsquedas BLAST de conjuntos de datos de secuencia de S. cerevisiae .
Fungal BLAST permite búsquedas entre múltiples secuencias de hongos
El Buscador de términos de ontología genética (GO) busca términos GO compartidos importantes o sus padres, y se utiliza para describir los genes consultados para ayudar a los usuarios a descubrir qué tienen en común los genes.
GO Slim Mapper asigna anotaciones de un grupo de genes a términos más generales y/o los agrupa en categorías amplias.
Pattern Matching es un recurso que permite a los usuarios buscar secuencias cortas de nucleótidos o péptidos de menos de 20 residuos, o patrones ambiguos/degenerados.
El análisis de restricción permite a los usuarios realizar un análisis de restricción ingresando un nombre de secuencia o una secuencia de ADN arbitraria [6]
ID de la base de datos del genoma de Saccharomyces (P3406) (ver usos )