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Base de datos de referencia de proteínas humanas

La Base de datos de referencia de proteínas humanas ( HPRD ) es una base de datos de proteínas accesible a través de Internet . [1] Está estrechamente asociado con la principal organización de investigación sin fines de lucro de la India , el Instituto de Bioinformática (IOB), Bangalore , India . Esta base de datos es un resultado colaborativo del IOB y el Laboratorio Pandey de la Universidad Johns Hopkins .

Descripción general

El HPRD es el resultado de un esfuerzo de colaboración internacional entre el Instituto de Bioinformática de Bangalore, India, y el laboratorio Pandey de la Universidad Johns Hopkins en Baltimore, EE.UU. HPRD contiene información científica seleccionada manualmente sobre la biología de la mayoría de las proteínas humanas. La información sobre las proteínas implicadas en las enfermedades humanas está anotada y vinculada a la base de datos Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM). El Centro Nacional de Información Biotecnológica proporciona un enlace a HPRD a través de sus bases de datos de proteínas humanas (por ejemplo, Entrez Gene, proteína RefSeq relacionada con genes y proteínas).

Este recurso muestra información sobre las funciones de las proteínas humanas, incluidas las interacciones proteína-proteína , modificaciones postraduccionales , relaciones enzima-sustrato y asociaciones de enfermedades. La información de anotación de proteínas que se cataloga se obtuvo mediante curación manual utilizando literatura publicada por biólogos expertos y mediante análisis bioinformáticos de la secuencia de proteínas. La interacción proteína-proteína y los datos de localización subcelular de HPRD se han utilizado para desarrollar una red de interacción de proteínas humanas. [2]

Aspectos destacados del HPRD de la siguiente manera:

HPRD también integra datos de Human Proteinpedia , un portal comunitario para integrar datos de proteínas humanas. Los usuarios académicos pueden acceder y utilizar libremente los datos de HPRD, mientras que las entidades comerciales deben obtener una licencia de uso. El contenido de Human Proteinpedia [5] está disponible gratuitamente para que cualquiera pueda descargarlo y utilizarlo.

Buscador de fosfomotivos

PhosphoMotif Finder [6] contiene un sustrato de quinasa/fosfatasa conocido, así como motivos de unión seleccionados de la literatura publicada. Informa la PRESENCIA de cualquier motivo derivado de la literatura en la secuencia de consulta. PhosphoMotif Finder NO PREDICE ningún motivo en la secuencia de proteínas de consulta utilizando ningún algoritmo u otras estrategias computacionales.

Comparación de datos de proteínas.

Existen otras bases de datos que tratan del proteoma humano (por ejemplo, BioGRID, BIND, DIP, HPRD, IntAct, MINT, MIPS, PDZBase y Reactome). Cada base de datos tiene su propio estilo de presentación de los datos. Para la mayoría de los investigadores es una tarea difícil comparar los voluminosos datos de estas bases de datos para poder concluir las fortalezas y debilidades de cada base de datos. Mathivanan y sus colegas [7] intentaron abordar esta cuestión mientras analizaban datos de proteínas planteando varias preguntas. Este análisis ayudará a los biólogos a elegir entre estas bases de datos en función de sus necesidades.

Referencias

  1. ^ Peri S, et al. (2003). "Desarrollo de una base de datos de referencia de proteínas humanas como plataforma inicial para abordar la biología de sistemas en humanos". Investigación del genoma . 13 (10): 2363–71. doi :10.1101/gr.1680803. PMC  403728 . PMID  14525934.
  2. ^ Gandhi TKB; et al. (Marzo de 2006). "Análisis del interactoma de proteína humana y comparación con conjuntos de datos de interacción de levaduras, gusanos y moscas". Genética de la Naturaleza . 38 (3): 285–293. doi :10.1038/ng1747. PMID  16501559. S2CID  1446423.
  3. ^ Mathivanan S.; et al. (2006). "Una evaluación de los datos de interacción proteína-proteína humana en el dominio público". Bioinformática BMC . 2006 (7): T19. doi : 10.1186/1471-2105-7-s5-s19 . PMC 1764475 . PMID  17254303. 
  4. ^ Mishra G.; et al. (2006). "Base de datos de referencia de proteínas humanas: actualización de 2006". Investigación de ácidos nucleicos . 34 (Problema de la base de datos): 411–414. doi : 10.1093/nar/gkj141. PMC 1347503 . PMID  16381900. 
  5. ^ Mathivanan S.; et al. (2008). "Human Proteinpedia permite compartir datos de proteínas humanas" (PDF) . Biotecnología de la Naturaleza . 26 (2): 164-167. doi :10.1038/nbt0208-164. hdl : 10261/60528 . PMID  18259167. S2CID  205265347.
  6. ^ Amanchy R.; et al. (2007). "Un compendio de sustratos seleccionados basados ​​en fosforilación y motivos de unión". Biotecnología de la Naturaleza . 2007 (25): 285–286. doi :10.1038/nbt0307-285. PMID  17344875. S2CID  38824337.
  7. ^ Mathivanan S, Periaswamy B, Gandhi TK y col. (2006). "Una evaluación de los datos de interacción proteína-proteína humana en el dominio público". Bioinformática BMC . 7 (Suplemento 5): T19. doi : 10.1186/1471-2105-7-S5-S19 . PMC 1764475 . PMID  17254303. 

enlaces externos