stringtranslate.com

Base de datos de proteínas interactuantes

La base de datos de proteínas interactuantes (DIP) es una base de datos biológica que cataloga interacciones determinadas experimentalmente entre proteínas . [2] [3] Combina información de una variedad de fuentes para crear un conjunto único y consistente de interacciones proteína-proteína. Los datos almacenados en DIP han sido curados, tanto manualmente, por curadores expertos , como automáticamente, utilizando enfoques computacionales que utilizan el conocimiento sobre las redes de interacción proteína-proteína extraídas del subconjunto central más confiable de los datos de DIP. La base de datos se lanzó inicialmente en 2002. A partir de 2014, DIP está curada por el grupo de investigación de David Eisenberg en UCLA .

Se puede buscar en DIP a través de su interfaz web; las búsquedas pueden basarse en las interacciones descritas en un artículo de revista seleccionado, o interacciones respaldadas por evidencia experimental, entre otros. [4]

DIP es miembro del Consorcio Internacional de Intercambio Molecular (IMEx), [5] un grupo de los principales proveedores públicos de datos de interacción. Otras bases de datos participantes incluyen la Base de Datos de la Red de Interacción Biomolecular (BIND), [6] IntAct, [7] la Base de Datos de Interacción Molecular (MINT), [8] MIPS, [9] MPact y BioGRID . [5] Las bases de datos de IMEx trabajan juntas para evitar la duplicación de esfuerzos, recopilando datos de fuentes que no se superponen y compartiendo los datos de interacción seleccionados. El consorcio IMEx también trabajó para desarrollar el formato XML HUPO - PSI -MI, que ahora está ampliamente implementado. [5] [10]

Toda la información contenida en DIP está disponible gratuitamente bajo una licencia Creative Commons BY-ND 3.0 . [2]

Referencias

  1. ^ Xenarios, I; Salwínski, L; Duan, XJ; Higney, P; Kim, SM; Eisenberg, D (1 de enero de 2002). "DIP, la base de datos de proteínas interactuantes: una herramienta de investigación para estudiar redes celulares de interacciones proteicas". Nucleic Acids Research . 30 (1): 303–5. doi :10.1093/nar/30.1.303. PMC  99070 . PMID  11752321.
  2. ^ ab "DIP:Home". dip.doe-mbi.ucla.edu . Consultado el 8 de septiembre de 2014 .
  3. ^ Salwinski, L.; Miller, CS; Smith, AJ; Pettit, FK; Bowie, JU; Eisenberg, D. (2004). "La base de datos de proteínas interactuantes: actualización de 2004". Investigación de ácidos nucleicos . 32 (90001): D449–D451. doi :10.1093/nar/gkh086. PMC 308820 . PMID  14681454. 
  4. ^ "DIP:Buscar". dip.doe-mbi.ucla.edu . Consultado el 8 de septiembre de 2014 .
  5. ^ abc Orchard, S.; Kerrien, S.; Abbani, S.; Aranda, B.; Bhate, J.; Bidwell, S.; Bridge, A.; Briganti, L.; Brinkman, F.; Cesareni, G.; Chatr-Aryamontri, A.; Chautard, E.; Chen, C.; Dumousseau, M.; Goll, J.; Hancock, R.; Hannick, LI; Jurisica, I.; Khadake, J.; Lynn, DJ; Mahadevan, U.; Perfetto, L.; Raghunath, A.; Ricard-Blum, S.; Roechert, B.; Salwinski, L.; Stümpflen, V.; Tyers, M.; Uetz, P.; Xenarios, I. (2012). "Curación de datos de interacción de proteínas: el consorcio International Molecular Exchange (IMEx)". Nature Methods . 9 (4): 345–350. doi :10.1038/nmeth.1931. PMC 3703241 . PMID  22453911. 
  6. ^ Alfarano, C. (17 de diciembre de 2004). "Actualización de 2005 de la base de datos de la red de interacción biomolecular y herramientas relacionadas". Nucleic Acids Research . 33 (número de la base de datos): D418–D424. doi :10.1093/nar/gki051. PMC 540005 . PMID  15608229. 
  7. ^ Kerrien, S.; Aranda, B.; Breuza, L.; Bridge, A.; Broackes-Carter, F.; Chen, C.; Duesbury, M.; Dumousseau, M.; Feuermann, M.; Hinz, U.; Jandrasits, C.; Jimenez, RC; Khadake, J.; Mahadevan, U.; Masson, P.; Pedruzzi, I.; Pfeiffenberger, E.; Porras, P.; Raghunath, A.; Roechert, B.; Orchard, S.; Hermjakob, H. (24 de noviembre de 2011). "La base de datos de interacción molecular IntAct en 2012". Nucleic Acids Research . 40 (D1): D841–D846. doi :10.1093/nar/gkr1088. PMC 3245075 . Número de modelo:  PMID22121220. 
  8. ^ Zanzoni, A; Montecchi-Palazzi, L; Quondam, M; Ausiello, G; Helmer-Citterich, M; Cesareni, G (20 de febrero de 2002). "MINT: una base de datos de interacción molecular". Cartas FEBS . 513 (1): 135–40. doi :10.1016/s0014-5793(01)03293-8. PMC 1751541 . PMID  11911893. 
  9. ^ Guldener, U. (1 de enero de 2006). "MPact: el recurso de interacción de proteínas MIPS en levadura". Nucleic Acids Research . 34 (90001): D436–D441. doi :10.1093/nar/gkj003. PMC 1347366 . PMID  16381906. 
  10. ^ Hermjakob, Henning; Montecchi-Palazzi, Luisa; Bader, Gary; Wojcik, Jérôme; Salwinski, Lukasz; Ceol, Arnaud; Moore, Susan; Huerto, Sandra; Sarkans, Ugis; von Mering, cristiano; Roechert, Bernd; Poux, Sylvain; Jung, Eva; Mersch, Henning; Kersey, Pablo; Lappe, Michael; Li, Yixue; Zeng, Rong; Rana, Debashis; Nikolski, Macha; Husi, Holger; Brun, Cristina; Shanker, K; Grant, Seth GN; Lijadora, Chris; Bork, compañero; Zhu, Weimin; Pandey, Akhilesh; Brazma, Alvis; Jacq, Bernardo; Vidal, Marc; Sherman, David; Legrain, Pierre; Cesareni, Gianni; Xenarios, Ioannis; Eisenberg, David; Steipe, Boris; Hogue, Chris; Apweiler, Rolf (2004). "Formato de interacción molecular de HUPO PSI: un estándar comunitario para la representación de datos de interacción de proteínas". Nature Biotechnology . 22 (2): 177–183. doi :10.1038/nbt926. PMID  14755292. Número de identificación del sujeto:  17557764.

Enlaces externos