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Bart Deplancke

Bart Deplancke (nacido el 21 de agosto de 1975) es un ingeniero biológico e investigador belga. Es profesor titular en la Escuela Politécnica Federal de Lausana , donde dirige el laboratorio de biología de sistemas y genética. [1]

Carrera

Deplancke estudió ingeniería bioquímica en la Universidad de Gante y se graduó con una Maestría en Ciencias en 1998. En 2002, obtuvo un doctorado en inmunobiología de la Universidad de Illinois en Urbana-Champaign por sus estudios sobre interacciones huésped-microbio intestinal e inmunidad innata. [2] [3] [4] Luego realizó estudios postdoctorales en los laboratorios de Marc Vidal ( Escuela de Medicina de Harvard ) y Marian Walhout ( Universidad de Massachusetts ), donde desarrolló un enfoque de detección de interacciones proteína-ADN de alto rendimiento y trabajó en la elucidación de redes reguladoras genéticas de metazoos. [5] [6] En 2007, estableció su propio laboratorio en la École Polytechnique Fédérale de Lausanne , donde fue promovido sucesivamente a profesor asociado en 2014, y a profesor titular en 2020. Actualmente es vicedecano de innovación allí. [1] Es cofundador de la red científica Junior European Drosophila Investigators (JEDI). [7] Desde 2013, Deplancke es líder de grupo en el Instituto Suizo de Bioinformática. [8]

Investigación

El laboratorio de Bart Deplancke desarrolla herramientas de microfluídica, secuenciación de alto rendimiento y genómica de células individuales para estudiar el origen, la diversidad y las funciones de las células del estroma en los tejidos adiposos , así como para comprender mejor cómo las variaciones genómicas pueden afectar la diversidad molecular y organismal, con un enfoque específico en los fenotipos metabólicos. [1] [9] En particular, Deplancke utiliza la adipogénesis como un sistema modelo para comprender mejor las redes reguladoras que impulsan la diferenciación celular, centrándose en el papel de los factores de transcripción [10] [11] y los correguladores transcripcionales. [12]

Utilizando la transcriptómica de células individuales, el equipo de Deplancke descubrió las células reguladoras de la adipogénesis ( Aregs ), previamente desconocidas, que están dotadas de la capacidad de suprimir la adipogénesis , un hallazgo que puede tener implicaciones importantes para el tratamiento de trastornos metabólicos crónicos como la obesidad o la diabetes tipo 2. [13] [14] El laboratorio de Deplancke también ha contribuido a la comprensión de que las variantes genéticas no codificantes tienen un impacto más amplio en la diversidad molecular y organismal de lo que se esperaba anteriormente, introduciendo así el concepto de módulos de cromatina variable (VCM). [15] [16] [17]

Junto con el laboratorio de Trudy Mackay , Deplancke y sus colegas caracterizaron el Panel de Referencia Genética de Drosophila, con el objetivo de mejorar la solidez de los estudios de relación genotipo-fenotipo, [18] [19] permitiendo la elucidación de principios genéticos importantes que subyacen a la variación en la inmunocompetencia intestinal. [20] [21] [22]

Innovación

En 2011, Deplancke cofundó Genohm, una empresa que ofrece productos y servicios de software (gestión de big data) para laboratorios farmacéuticos y de I+D, que fue adquirida por Agilent en mayo de 2018. [23] [24]

En 2020, cofundó Alithea Genomics, una empresa especializada en hacer que la transcriptómica de alto rendimiento sea muy asequible para proyectos académicos, funcionalización de biobancos y plataformas de detección de fármacos. [25] [26]

Distinciones

En 2005, Deplancke recibió el Premio Peter Reeds para Jóvenes Investigadores de la Sociedad Estadounidense de Ciencias de la Nutrición por su trabajo sobre el impacto de los factores genéticos en respuesta a las infecciones bacterianas. [27]

En 2017, fue elegido miembro del Consejo Nacional de Investigación de la Fundación Nacional de Ciencias de Suiza . [28]

Referencias

  1. ^ abc «El laboratorio de Bart Deplancke en la EPFL» . Consultado el 2 de septiembre de 2020 .
  2. ^ Deplancke, Bart; Gaskins, H. Rex (2003). "El sulfuro de hidrógeno induce la entrada al ciclo celular independiente del suero en células epiteliales intestinales de rata no transformadas". The FASEB Journal . 17 (10): 1310–1312. doi : 10.1096/fj.02-0883fje . ISSN  1530-6860. PMID  12738807. S2CID  14505067.
  3. ^ Deplancke, Bart; Vidal, Olivier; Ganessunker, Deshanie; Donovan, Sharon M.; Mackie, Roderick I.; Gaskins, H. Rex (1 de noviembre de 2002). "Crecimiento selectivo de bacterias mucolíticas, incluyendo Clostridium perfringens, en un modelo de lechones neonatales con nutrición parenteral total". The American Journal of Clinical Nutrition . 76 (5): 1117–1125. doi : 10.1093/ajcn/76.5.1117 . ISSN  0002-9165. PMID  12399288.
  4. ^ Deplancke, Bart; Gaskins, H. Rex (1 de junio de 2001). "Modulación microbiana de la defensa innata: células caliciformes y la capa de moco intestinal". The American Journal of Clinical Nutrition . 73 (6): 1131S–1141S. doi : 10.1093/ajcn/73.6.1131S . ISSN  0002-9165. PMID  11393191.
  5. ^ Deplancke, Bart; Dupuy, Denis; Vidal, Marc; Walhout, Albertha JM (15 de octubre de 2004). "Un sistema híbrido único de levadura compatible con Gateway". Genome Research . 14 (10b): 2093–2101. doi :10.1101/gr.2445504. ISSN  1088-9051. PMC 528925 . PMID  15489331. 
  6. ^ Deplancke, Bart; Mukhopadhyay, Arnab; Ao, Wanyuan; Elewa, Ahmed M.; Grove, Christian A.; Martinez, Natalia J.; Sequerra, Reynaldo; Doucette-Stamm, Lynn; Reece-Hoyes, John S.; Hope, Ian A.; Tissenbaum, Heidi A. (13 de junio de 2006). "Una red de interacción proteína-ADN centrada en genes de C. elegans". Cell . 125 (6): 1193–1205. doi : 10.1016/j.cell.2006.04.038 . ISSN  0092-8674. PMID  16777607. S2CID  6485745.
  7. ^ Marx, Vivien (1 de marzo de 2017). "Bart Deplancke". Nature Methods . 14 (3): 211. doi : 10.1038/nmeth.4188 . ISSN  1548-7105. S2CID  45038650.
  8. ^ Flegel, Sylvie. "Deplancke Bart". www.sib.swiss . Consultado el 2 de septiembre de 2020 .
  9. ^ "Oradores – NRRN". nuclearreceptorresearchnetwork.org . Consultado el 2 de septiembre de 2020 .
  10. ^ Gubelmann, Carine; Schwalie, Petra C; Raghav, Sunil K; Röder, Eva; Delessa, Tenagne; Kiehlmann, Elke; Waszak, Sebastian M; Corsinotti, Andrea; Udin, Gilles; Holcombe, Wiebke; Rudofsky, Gottfried (27 de agosto de 2014). Tontonoz, Peter (ed.). "Identificación del factor de transcripción ZEB1 como un componente central de la red reguladora de genes adipogénicos". eLife . 3 : e03346. doi : 10.7554/eLife.03346 . ISSN  2050-084X. PMC 4359378 . PMID  25163748. 
  11. ^ Chen, Wanze; Schwalie, Petra C.; Pankevich, Eugenia V.; Gubelmann, Carine; Raghav, Sunil K.; Dainese, Riccardo; Cassano, Marco; Imbeault, Michael; Jang, Suk Min; Russeil, Julie; Delessa, Tenagne (18 de abril de 2019). "ZFP30 promueve la adipogénesis a través de la activación mediada por KAP1 de un potenciador Pparg2 derivado de retrotransposón". Nature Communications . 10 (1): 1809. Bibcode :2019NatCo..10.1809C. doi :10.1038/s41467-019-09803-9. ISSN  2041-1723. PMC 6472429 . PMID  31000713. 
  12. ^ Raghav, Sunil K.; Waszak, Sebastian M.; Krier, Irina; Gubelmann, Carine; Isakova, Alina; Mikkelsen, Tarjei S.; Deplancke, Bart (11 de mayo de 2012). "La genómica integrativa identifica al correpresor SMRT como un guardián de la adipogénesis a través de los factores de transcripción C/EBPβ y KAISO". Molecular Cell . 46 (3): 335–350. doi : 10.1016/j.molcel.2012.03.017 . ISSN  1097-2765. PMID  22521691.
  13. ^ Dovey, Dana (21 de junio de 2018). "Los científicos podrían haber descubierto cómo evitar que la gente engorde". Newsweek . Consultado el 2 de septiembre de 2020 .
  14. ^ Schwalie, Petra C.; Dong, Hua; Zachara, Magda; Russeil, Julie; Alpern, Daniel; Akchiche, Nassila; Caprara, Christian; Sun, Wenfei; Schlaudraff, Kai-Uwe; Soldati, Gianni; Wolfrum, Christian (julio de 2018). "Una población de células estromales que inhibe la adipogénesis en depósitos de grasa de mamíferos". Nature . 559 (7712): 103–108. Bibcode :2018Natur.559..103S. doi :10.1038/s41586-018-0226-8. ISSN  1476-4687. PMID  29925944. S2CID  49348518.
  15. ^ Kilpinen, Helena; Waszak, Sebastian M.; Gschwind, Andreas R.; Raghav, Sunil K.; Witwicki, Robert M.; Orioli, Andrea; Migliavacca, Eugenia; Wiederkehr, Michaël; Gutierrez-Arcelus, Maria; Panousis, Nikolaos I.; Yurovsky, Alisa (8 de noviembre de 2013). "Efectos coordinados de la variación de secuencia en la unión del ADN, la estructura de la cromatina y la transcripción". Science . 342 (6159): 744–747. Bibcode :2013Sci...342..744K. doi :10.1126/science.1242463. ISSN  1095-9203. PMC 5502466 . PMID  24136355. 
  16. ^ Waszak, Sebastian M.; Delaneau, Olivier; Gschwind, Andreas R.; Kilpinen, Helena; Raghav, Sunil K.; Witwicki, Robert M.; Orioli, Andrea; Wiederkehr, Michael; Panousis, Nikolaos I.; Yurovsky, Alisa; Romano-Palumbo, Luciana (27 de agosto de 2015). "Variación poblacional y control genético de la arquitectura modular de la cromatina en humanos". Cell . 162 (5): 1039–1050. doi : 10.1016/j.cell.2015.08.001 . ISSN  0092-8674. PMID  26300124. S2CID  16537629.
  17. ^ Deplancke, Bart; Alpern, Daniel; Gardeux, Vincent (28 de julio de 2016). "La genética de la variación de la unión del ADN a los factores de transcripción". Cell . 166 (3): 538–554. doi : 10.1016/j.cell.2016.07.012 . ISSN  0092-8674. PMID  27471964. S2CID  8237138.
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  26. ^ "Alithea Genomics SA". www.venturekick.ch . Consultado el 23 de febrero de 2021 .
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  28. ^ "Consejo de investigación del SNSF: seis nuevos miembros elegidos - SNF". www.snf.ch . Consultado el 2020-09-02 .

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