BEAST 2 es un programa multiplataforma para el análisis bayesiano de secuencias moleculares . [1] Utilizando MCMC , estima filogenias arraigadas y cronometradas utilizando una gama de modelos de sustitución y reloj , y una variedad de árboles a priori. Hay una herramienta asociada, llamada BEAUTi, para configurar análisis estándar (que se especifican utilizando XML ). BEAST 2 es una reescritura completa del programa BEAST anterior (aún en desarrollo activo) [2] y, como tal, se basa en una gran cantidad de trabajo. Una característica notable de BEAST 2 es el sistema de empaquetado que ha simplificado el proceso de implementación de modelos novedosos.
Taming the BEAST es un recurso impulsado por la comunidad que enseña el uso de BEAST 2 y el software filogenético relacionado. [3]
BEAUti significa "Bayesian Evolutionary Analysis Utility" (Utilidad de análisis evolutivo bayesiano). Es una interfaz gráfica de usuario (GUI) que se utiliza para crear los archivos de entrada para BEAST 2. Permite a los usuarios especificar fácilmente las distintas opciones y configuraciones para su análisis filogenético, como el archivo de datos, el modelo de evolución molecular y las distribuciones previas de los parámetros del modelo. BEAUti también permite a los usuarios especificar los parámetros para el análisis MCMC, como la longitud de la cadena y la frecuencia de muestreo. Esto hace que sea una forma fácil de ejecutar BEAST 2, ya que elimina la necesidad de que los usuarios editen manualmente los archivos de entrada XML.
BEAUti permite a los usuarios instalar y gestionar fácilmente distintos paquetes, como modelos de evolución molecular o modelos coalescentes. Estos paquetes se pueden instalar directamente desde BEAUti. Esto facilita la incorporación de nuevas funcionalidades al análisis sin necesidad de descargar e instalar manualmente los paquetes.
La Red Integral de Archivos BEAST (CBAN) es el repositorio oficial de los paquetes de BEAST 2. Los paquetes de CBAN se pueden instalar a través de BEAUti de manera inmediata. [4]
Un proyecto relacionado es LinguaPhylo (LPhy). [5] LPhy es un lenguaje de programación probabilístico para definir análisis filogenéticos con una sintaxis similar a OpenBUGS . Proporciona una manera de generar archivos XML de BEAST 2 (y especificaciones de modelos similares para otros paquetes de filogenética) sin necesidad de escribir el XML a mano.
Un paquete particularmente importante en los ecosistemas BEAST 2 es remaster [6] (anteriormente MASTER [7] ). Remaster es una herramienta para simular trayectorias y filogenias de poblaciones a partir de modelos de nacimiento-muerte y coalescencia. Se utiliza en estudios de simulación para validar metodologías novedosas.