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Biobase (empresa)

BIOBASE es una empresa internacional de bioinformática con sede en Wolfenbüttel , Alemania . La empresa se centra en la generación, el mantenimiento y la concesión de licencias de bases de datos en el campo de la biología molecular y sus plataformas de software relacionadas.

Historia

La empresa fue fundada en 1997 como una escisión del Centro Alemán de Investigación en Biotecnología (GBF) de Braunschweig (Alemania), conocido hoy como Centro de Investigación Helmholtz para la Investigación de Infecciones. *Los fundadores fueron científicos del Grupo de Investigación en Bioinformática del GBF, dirigido en aquel momento por Edgar Wingender. La empresa está ahora dirigida por Michael Tysiak (CEO/CFO) y Frank Schacherer (COO). [ cita requerida ]

El producto original de la empresa fue la base de datos TRANSFAC, una plataforma para la descripción y el análisis de eventos y redes de regulación genética. Posteriormente, se complementó con una serie de bases de datos más pequeñas relacionadas con aspectos de la regulación genética y con una base de datos de vías de señalización tempranas (TRANSPATH). TRANSPATH constituyó la base de datos de vías de señalización más antigua, junto con la base de datos de redes de señalización celular (CSNDB) dirigida por T. Takai en el Instituto Nacional de Ciencias de la Salud (NIHS) en Tokio.

A finales de 1999, BIOBASE adquirió capital de riesgo de los fondos IMH, ahora gestionados por Triginta Capital, por parte de MBG (Hannover; hasta 2007) y tbg. En 2002, Intec W&G, Tokio, Japón, invirtió en la empresa y siguió siendo accionista hasta 2005. A principios de 2005, la empresa adquirió las bases de datos producidas por Incyte, Wilmington, Delaware, EE. UU., que eran operadas en ese momento por la subsidiaria de Incyte, Proteome Inc en Beverly, MA. El primer producto estrella de Proteome fue la base de datos del proteoma de levadura (YPD), que se complementó con una serie de bases de datos similares. Su último logro antes de la adquisición fue la base de datos de la encuesta del proteoma humano (HumanPSD).

BIOBASE con todas sus filiales fue adquirida por QIAGEN GmbH el 2 de abril de 2014.

Subsidiarias

BIOBASE GmbH tiene tres filiales de propiedad absoluta: BIOBASE Corporation en Beverly/Massachusetts, EE. UU. (desde 2005), [1] BIOBASE Databases India Pvt Ltd. en Bangalore, India (desde 2006), [2] y BIOBASE Japan KK en Yokohama, Japón (desde 2007). [3]

Productos y servicios

Las bases de datos de la empresa proporcionan contenido seleccionado manualmente, recopilado y estructurado a partir de publicaciones científicas primarias revisadas por pares.

La biblioteca de conocimiento BIOBASE (BKL) es una base de datos integrada que comprende los siguientes módulos: [4]

Además, BIOBASE ha desarrollado el sistema ExPlain para la interpretación biológica de datos de expresión genética y proteómica mediante análisis integrados funcionales, de promotores y de vías.

El "Portal de Regulación Genética" ofrece de forma gratuita a usuarios de organizaciones sin ánimo de lucro una serie de revisiones anteriores de productos de la empresa.

BIOBASE también distribuye una serie de productos de terceros:

Además de estos productos, BIOBASE ofrece servicios de externalización de procesos de conocimiento (KPO). Estos pueden incluir el desarrollo y la introducción de datos personalizados en bases de datos con contenidos específicos, o análisis sistemáticos de datos de expresión genética.

Proyectos científicos/investigaciones

BIOBASE es miembro de los siguientes consorcios de investigación financiados con fondos públicos, los dos primeros de ellos coordinados por BIOBASE (Alexander Kel): [15]

Además, BIOBASE ha establecido asociaciones de investigación con

Véase también

Referencias

  1. ^ BIOBASE adquiere Proteome de Incyte
  2. ^ BIOBASE abre una oficina en Bangalore Archivado el 25 de mayo de 2010 en Wayback Machine .
  3. ^ "BIOBASE abre una oficina en Yokohama". Reuters . Archivado desde el original el 1 de febrero de 2013. Consultado el 30 de junio de 2017 .
  4. ^ Wingender, E; Crass, T; Hogan, JD; Kel, AE; Kel-Margoulis, OV; Potapov, AP (2007). "Conceptos integradores basados ​​en contenido para la bioinformática "más allá de la célula"". Journal of Biosciences . 32 (1): 169–80. doi :10.1007/s12038-007-0015-2. PMID  17426389. S2CID  16360290.
  5. ^ Matys, V; Kel-Margoulis, OV; Fricke, E; Liebich, I; Land, S; Barre-Dirrie, A; Reuter, I; Chekmenev, D; et al. (2006). "TRANSFAC y su módulo TRANSCompel: regulación génica transcripcional en eucariotas". Nucleic Acids Research . 34 (número de la base de datos): D108–10. doi :10.1093/nar/gkj143. PMC 1347505 . PMID  16381825. 
  6. ^ Krull, M; Pistor, S; Voss, N; Kel, A; Reuter, I; Kronenberg, D; Michael, H; Schwarzer, K; et al. (2006). "TRANSPATH: un recurso de información para almacenar y visualizar las vías de señalización y sus aberraciones patológicas". Nucleic Acids Research . 34 (número de base de datos): D546–51. doi :10.1093/nar/gkj107. PMC 1347469 . PMID  16381929. 
  7. ^ abc Costanzo, MC; Crawford, ME; Hirschman, JE; Kranz, JE; Olsen, P; Robertson, LS; Skrzypek, MS; Braun, BR; et al. (2001). "YPD, PombePD y WormPD: volúmenes de organismos modelo de la biblioteca BioKnowledge, un recurso integrado para información sobre proteínas". Investigación de ácidos nucleicos . 29 (1): 75–9. doi :10.1093/nar/29.1.75. PMC 29810 . PMID  11125054. 
  8. ^ Hodges, PE; Carrico, PM; Hogan, JD; O'Neill, KE; Owen, JJ; Mangan, M; Davis, BP; Brooks, JE; Garrels, JI (2002). "Anotación del proteoma humano: la base de datos de la Encuesta del Proteoma Humano (HumanPSD) y una base de datos detallada de objetivos para receptores acoplados a proteína G (GPCR-PD) de Incyte Genomics". Investigación de ácidos nucleicos . 30 (1): 137–41. doi :10.1093/nar/30.1.137. PMC 99168 . PMID  11752275. 
  9. ^ Liebich, I; Bode, J; Frisch, M; Wingender, E (2002). "S/MARt DB: una base de datos sobre regiones unidas a matrices/andamiajes". Nucleic Acids Research . 30 (1): 372–4. doi :10.1093/nar/30.1.372. PMC 99064 . PMID  11752340. 
  10. ^ Departamento de Bioinformática y Bioquímica – Universidad Técnica de Braunschweig Alemania
  11. ^ enzimata
  12. ^ Página de inicio de HGMD
  13. ^ Lenguaje de marcado del sistema celular (CSML) - Cell Illustrator
  14. ^ "Cell Illustartor - nueva_versión".
  15. ^ Proyectos de la UE en BIOBASE [ enlace muerto permanente ]
  16. ^ Net2Drug
  17. ^ Bases de datos biológicas BIOBASE: SysCo - Análisis funcional Archivado el 11 de enero de 2011 en Wayback Machine .
  18. ^ Inicio – Análisis funcional sistemático del parasitismo intracelular como modelo de conflicto genómico [ enlace muerto permanente ]
  19. ^ Bases de datos biológicas BIOBASE: TRANSISTOR Archivado el 11 de enero de 2011 en Wayback Machine .
  20. ^ Gen2Phen Archivado el 24 de mayo de 2008 en Wayback Machine .
  21. ^ Kel, AE; Niehof, M; Matys, V; Zemlin, R; Borlak, J (2008). "Predicción de sitios de unión funcionales de HNF4alpha en todo el genoma mediante el uso del contexto de secuencia local y global". Genome Biology . 9 (2): R36. doi : 10.1186/gb-2008-9-2-r36 . PMC 2374721 . PMID  18291023. 
  22. ^ Minovitsky, S; Stegmaier, P; Kel, A; Kondrashov, AS; Dubchak, I (2007). "Motivos de secuencia corta, sobrerrepresentados en secuencias no codificantes conservadas de mamíferos". BMC Genomics . 8 : 378. doi : 10.1186/1471-2164-8-378 . PMC 2176071 . PMID  17945028. 

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